позиционирование полосы ошибок ggplot

Я надеюсь, что правильно отформатировал вопрос и искал аналогичный вопрос повсюду, поэтому приношу свои извинения, если это дубликат.

Когда я помещаю планки ошибок на сгруппированную гистограмму, ggplot просто помещает полосы ошибок между сгруппированными полосами, как на изображении ниже в rplot, однако я хочу, чтобы полосы ошибок находились в середине соответствующих полос.

rplot

данные выглядят так

print(dfm)
  REEF           variable    value Errortype     Error
1 Reef 1 Machine.Percentage 23.35068        ME 0.1341473
2 Reef 2 Machine.Percentage 23.85531        ME 0.4876110
3 Reef 3 Machine.Percentage 18.36640        ME 0.6022585
4 Reef 4 Machine.Percentage 16.98787        ME 0.5596818
5 Reef 1   Human.Percentage 21.12382        HE 0.1620290
6 Reef 2   Human.Percentage 28.22039        HE 0.1732592
7 Reef 3   Human.Percentage 18.14550        HE 0.8022002
8 Reef 4   Human.Percentage 15.50208        HE 0.4999109

в противном случае те же данные, но с использованием dput, если это предпочтительнее

> dput(dfm)
structure(list(X = 1:8, REEF = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 1L, 
2L, 3L, 4L), .Label = c("Reef 1", "Reef 2", "Reef 3", "Reef 4"
), class = "factor"), variable = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 
1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Human.Percentage", "Machine.Percentage"
), class = "factor"), value = c(23.35068462, 23.85531136, 18.36640212, 
16.98786965, 21.12382394, 28.22039072, 18.14550265, 15.50208154
), Errortype = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("HE", 
"ME"), class = "factor"), Error = c(0.134147251, 0.487611042, 
0.602258513, 0.559681767, 0.162029047, 0.173259241, 0.802200189, 
0.499910856)), .Names = c("X", "REEF", "variable", "value", "Errortype", 
"Error"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))

И это код

 ggplot (data = dfm, aes(x = REEF, y = value))+ 
        geom_bar(aes(fill = variable),stat = "identity",position = "dodge", width = 0.9)+
        theme_bw()+scale_fill_brewer(palette="Set1")+
        theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))+
        ylab("% Hard Coral")+xlab("Reef Name")+theme(legend.title=element_blank())+
        ggtitle("Hard Coral group_KER 1")+
        geom_errorbar(aes(ymin=value-Error, ymax=value+Error),
                      size=.5,  
                      width=.2,
                      position=position_dodge(0.9))

Буду невероятно благодарен за любую информацию


r ggplot2 errorbar
person Peran Bray    schedule 02.10.2017    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
0
arrow_downward

Нужно сопоставить, как геометрия погрешностей сгруппирована с полосами:

ggplot (data = dfm, aes(x = REEF, y = value))+ 
        geom_bar(aes(fill = variable),stat = "identity",position = "dodge", width = 0.9)+
        theme_bw()+scale_fill_brewer(palette="Set1")+
        theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))+
        ylab("% Hard Coral")+xlab("Reef Name")+theme(legend.title=element_blank())+
        ggtitle("Hard Coral group_KER 1")+
        geom_errorbar(aes(ymin=value-Error, ymax=value+Error, group = variable),
                      size=.5,
                      width=.2,
                      position=position_dodge(0.9))
person nobits    schedule 02.10.2017

arrow_upward
0
arrow_downward

Данные в вашем вызове ggplot группируются вместе по полю variable только в вызове aes(fill = variable). Таким образом, только geom_bar знает об этой группе.

Представляются два решения: во-первых, вы можете сообщить geom_errorbar о группировке, добавив group = variable, чтобы вызов aes стал aes(ymin = value-Error, ymax = value+Error, fill = variable).

В качестве альтернативы вы можете переместить fill = variable из эстетики geom_bar в эстетику ggplot, чтобы группировка была доступна для всех последующих функций: aes(x = REEF, y = value, fill = variable).

Между прочим, использование geom_bar с stat = "identity" может и должно быть достигнуто с помощью geom_col, которое его включает. Таким образом, вы можете получить желаемый результат с помощью команды:

ggplot (data = dfm, aes(x = REEF, y = value, fill = variable))+ 
  geom_col(position = "dodge", width = 0.9)+
  theme_bw()+scale_fill_brewer(palette="Set1")+
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))+
  ylab("% Hard Coral")+xlab("Reef Name")+theme(legend.title=element_blank())+
  ggtitle("Hard Coral group_KER 1")+
  geom_errorbar(aes(ymin=value-Error, ymax=value+Error),
                size=.5,  
                width=.2,
                position=position_dodge(0.9))

который дает вывод: график с исправленными планками ошибок

person Eumenedies    schedule 02.10.2017