С интерфейсами и реализациями в отдельных сборках, где Unity должна отображать их в приложении Prism WPF?

Обычно это делается в модуле, содержащем реализации. Контейнер Unity будет предоставлен с помощью внедрения зависимостей в конструкторе модуля; следовательно, оболочке никогда не нужно фактически регистрировать реализации в интерфейсе. Модуль, содержащий интерфейсы, обычно является инфраструктурной DLL (а не модулем), и, следовательно, на него могут ссылаться модули реализации.

Обратите внимание, что это соответствует рекомендациям Prism относительно разделения интерфейса/реализации между DLL. Они углубляются в это в отношении услуг; хотя я сомневаюсь, что вы найдете какие-либо примеры их использования для моделей или других объектов.

Пример:

using Microsoft.Practices.Unity;
using YourInfrastructureDll;

public sealed class ModuleImplementationA : IModule
{
   private readonly IUnityContainer _container;

   public ModuleImplementationA(IUnityContainer container)
   {
      _container = container;
   }

   public void Initialize()
   { 
      // IYourInterface is defined in the Infrastructure DLL, while YourImplementationA exists in this module
      _container.RegisterType<IYourInterface, YourImplementationA>();
   }
}

Это можно заменить другой реализацией DLL:

using Microsoft.Practices.Unity;
using YourInfrastructureDll;

public sealed class ModuleImplementationB : IModule
{
   private readonly IUnityContainer _container;

   public ModuleImplementationB(IUnityContainer container)
   {
      _container = container;
   }

   public void Initialize()
   { 
      // IYourInterface is defined in the Infrastructure DLL, while YourImplementationB exists in a different module than the first
      _container.RegisterType<IYourInterface, YourImplementationB>();
   }
}