Работа с количеством экземпляров в рабочей роли

Проблемы не с поточностью, а с параллелизмом. Да, будут проблемы.

Однако эти проблемы не отличаются от обычных проблем параллелизма, которые могут возникнуть, даже если один веб-сервер получает одновременные запросы.

Наиболее распространенный способ решения проблем параллелизма — использование Оптимистичный параллелизм.

распространенным решением на платформе Windows Azure для распределения работы между несколькими рабочими процессами является использование очередей службы хранилища Azure. Это помогает свести к минимуму риск одновременной работы двух потоков или даже двух ролей над одним элементом. Тем не менее, требуется небольшая дополнительная работа, чтобы сделать это полностью функциональным и убедиться, что поведение очереди правильно учитывается.

Я бы не рекомендовал использовать несколько однопоточных ролей, чтобы избежать многопоточности. Это было бы дороже, и, как указал @Mark, вы столкнетесь почти с теми же проблемами.