Как мне подсчитать, сколько событий содержит определенный элемент списка в Keen IO?

Используйте оператор equal.

var count = new Keen.Query("count", {
  event_collection: "purchases",
  timeframe: "this_14_days",
  filters: [
    {
      property_name: "items",
      operator: "eq",
      property_value: "pickle"
    }
  ]
});

Из справочника по API для фильтров и их операторов:

«Равно» — обратите внимание, что если значение вашего свойства представляет собой массив, «eq» можно использовать для фильтрации значений внутри этого массива. Например, eq: 5 будет соответствовать значению [5, 6, 7].