изменять значения на основе относительной позиции строки

Во-первых, ваши данные выглядят как матрица, а не data.frame, что вам следует исправить, если вы планируете использовать dplyr. Как только вы отсортируете это, вы можете использовать cumsum для каждого термина (с задержкой, если вы не хотите подсчитывать apple строк), вычесть, а затем использовать ifelse для преобразования 0 и 1 в blue и red:

library(dplyr)

df <- read.table(text = '  a        b    
[1,] "5"      "yes"
[2,] "6"      "no" 
[3,] "7"      "no" 
[4,] "2"      "yes"
[5,] "apple"  NA   
[6,] "4"      "yes"
[7,] "1"      "no" 
[8,] "banana" NA   
[9,] "6"      "yes"
[10,] "3"      "yes"', header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)

rownames(df) <- NULL

df %>% 
    mutate(c = cumsum(lag(a, default = '') == 'apple') - cumsum(a == 'banana'),
           c = ifelse(as.logical(c), 'red', 'blue'))
#>         a    b    c
#> 1       5  yes blue
#> 2       6   no blue
#> 3       7   no blue
#> 4       2  yes blue
#> 5   apple <NA> blue
#> 6       4  yes  red
#> 7       1   no  red
#> 8  banana <NA> blue
#> 9       6  yes blue
#> 10      3  yes blue

Мы можем получить позиции программно, а затем выполнить назначение

i1 <- Reduce(`:`, which(is.na(df1$b))+ c(1, -1))
df1$c <- 'blue'
df1$c[i1] <- 'red'

данные

df1 <- structure(list(a = c("5", "6", "7", "2", "apple", "4", "1", "banana", 
"6", "3"), b = c("yes", "no", "no", "yes", NA, "yes", "no", NA, 
"yes", "yes")), .Names = c("a", "b"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-10L))

Использование функции row_number из пакета dplyr

#reproducing example
df <- data.frame(a = c("5","6","7","2","apple","4","1","banana","6","3"), b = c("yes","no","no","yes","NA","yes","no","NA","yes","yes"), stringsAsFactors = FALSE)

df$c <- "blue"
lim1 <- which(df$a == "apple")
lim2 <- which(df$a == "banana")

Способ 1:

df$c[lim1:lim2] <- "red"

Метод 2:

library(dplyr)
df <- df %>%
    mutate(c = ifelse(row_number(a) %in% lim1:lim2, "blue", "red"))

Пакет dplyr предлагает функцию row_number(), которую можно использовать вместе с mutate и ifelse для присвоения значений определенным позициям строк:

library(dplyr)
df = df %>% mutate(c=ifelse(row_number(a) %in% c(6,7),"red","blue"))

с мутацией и dplyr:

df %>% mutate(c = ifelse(row_number() %>% between(match("apple",a)+0.1,match("banana",a)-0.1),"red","blue"))

с базой:

df <- transform(df,c = ifelse(1:nrow(df) > match("apple",a) & (1:nrow(df) < match("banana",a) ),"red","blue"))