Построение сети igraph с помощью DiagrammeR

Кажется, происходит несколько вещей.

library(igraph)
library(DiagrammeR)

mydata <- data.table(from=c("John", "John", "Jim"),to=c("John", "Jim", "Jack"))
mygraph <- graph_from_data_frame(d=mydata, directed=TRUE)

Следующий код выдает предупреждение

mygraph2 <- from_igraph(mygraph)

Предупреждающие сообщения: 1: В data.frame(from = as.integer(igraph::ends(igraph, igraph::E(igraph))[, : NA введены принудительно

И если вы посмотрите на mygraph2, там нет информации об узле или ребре, и он не отображает: render_graph(mygraph2). Но предупреждение является информативным, поскольку оно указывает на строки кода ( as.integer(ends(mygraph, E(mygraph), names=TRUE)) : может быть, мы хотим, чтобы имена = FALSE), поэтому попробуйте удалить имена, но установить метки.

V(mygraph)$label = V(mygraph)$name
V(mygraph)$name = factor(V(mygraph)$name, levels=as.character(V(mygraph)$name))

Без предупреждений и рендеров

mygraph2 <- from_igraph(mygraph)
render_graph(mygraph2)

Если вы хотите увидеть код dot, вы можете использовать generate_dot , а затем передать его grViz, однако это то, что делает render_graph.

grViz(generate_dot(mygraph2))

В вашем процессе есть две проблемы.

Первый находится в команде from_igraph. Я не уверен, может быть, это ошибка в пакете, может быть, это проблема с моей настройкой, но я не мог использовать его для получения желаемого результата. На моей машине работает следующее.

mygraph3 <- from_adj_matrix(as.matrix(get.adjacency(mygraph)), mode = "directed")

И тогда вам нужно render_graph или что-то в этом роде, чтобы получить ваш график, grViz для строкового представления графика, а не для самого графика.

render_graph(mygraph3)