ThreadPool не выполняет задачи последовательно

Вам необходимо отправить задания двумя пакетами или иным образом создать явное отношение «происходит до». Предложите создать два пакета заданий и использовать invokeAll(batch1); invokeAll(batch2);. Метод invokeAll() выполнит все задания и заблокирует их до завершения. Возможно, вам придется обернуть ваши Runnable как Callable, что вы можете сделать с Executors.callable(Runnable r). (@Cameron Skinner опередил меня, получив пример кода, см. этот ответ для получения дополнительной информации...)

Весь смысл исполнителей заключается в том, чтобы абстрагироваться от специфики выполнения, поэтому порядок не гарантируется, если это явно не указано. Если вы хотите строго последовательное выполнение, делайте это в потоке, в котором вы работаете (самый простой), делайте это в однопоточном исполнителе, аля Executors.newSingleThreadExecutor(), или явно синхронизируйте задачи. Если вы хотите сделать последнее, вы можете использовать барьер или защелку и заблокировать зависимые задачи на барьере/защелке. Вы также можете сделать так, чтобы первый блок задач реализовывал Callable, возвращал Future, а зависимые задачи вызывали myFuture.get(), что заставляло бы их блокироваться до тех пор, пока не будут возвращены результаты.

Если вы расскажете больше о своем конкретном приложении, мы сможем помочь более конкретно.

Это правильное поведение. У вас нет никаких гарантий относительно того, в каком порядке выполняются Runnables.

Исполнители выполняются параллельно, тогда как кажется, что вы хотите, чтобы задачи выполнялись последовательно. Вы можете отправить первые 50 заданий, дождаться их завершения, а затем отправить вторые 50 заданий или (если важен порядок выполнения) просто запустить их все в одном потоке.

Например,

for (Future<Whatever> f: service.invokeAll(first50tasks)) {
    addResultToList(f.get());
}
Future<Whatever> output = service.invokeAll(second50tasks);

Возможно, вы могли бы execute первые 50, shutdown и awaitTermination, и только потом execute остальные 50? См. этот ответ для примера кода.