bioconda: нет такого файла или каталога mulled-build

Я пытаюсь создать новый пакет (verifybamid) для биоконды. Я запускаю это на минимальной виртуальной машине Linux с настроенными docker, conda, bioconda-utils и т. Д. conda build verifybamid работает. Когда я пытаюсь ./simulate-travis.py --packages verifybamid --loglevel=debug, сначала все работает нормально, но в конце концов я получаю No such file or directory: mulled-build, вызываемый test_package (). Согласно bioconda-utils:

Теперь каждый собранный пакет можно протестировать в изолированном контейнере busybox благодаря функциям mulled-build и invucro. Это позволит выявить проблемы, когда рецепт не может указать библиотеки (например, libgcc) в зависимостях выполнения.

но какой пакет мне нужно установить, чтобы это работало?

Спасибо, Андреас


person Andreas    schedule 22.11.2016    source источник


Ответы (1)


вам необходимо установить galaxy-lib. На самом деле он должен идти вместе с вашим файлом requiremets.txt как зависимость от bioconda-utils. Если нет, сделайте conda install galaxy-lib, и вы получите mulled-build для создания очень эффективных контейнеров Docker из пакетов Conda.

Ура, Бьорн

person Björn Grüning    schedule 23.11.2016
comment
Это сработало! Прохладный! Спасибо! Кстати: galaxy-lib не упоминается ни в одном из файлов requirements.txt текущего коммита bioconda - person Andreas; 23.11.2016