Предупреждающее сообщение при открытии RStudio или консоли R

Недавно я установил Microsoft R Open 3.3.1 на свой MacBook Pro (El Capitan 10.11.6). Когда я открываю RStudio или использую консоль R, я получаю это предупреждающее сообщение:

Warning message:
In doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) :
  unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so, 6): Symbol not found: _CGBitmapContextCreate
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so
  Expected in: flat namespace
 in /Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules//R_X11.so

Знаете ли вы способ предотвратить печать сообщения (или решить проблему)?

Спасибо!


rstudio r microsoft-r osx-elcapitan
person amarchin    schedule 21.09.2016    source источник
comment
Звучит как отличный вопрос для поддержки Microsoft. Ошибка исчезает, когда вы переключаетесь обратно на CRAN R?   -  person hrbrmstr    schedule 21.09.2016
comment
Я пробовал с версией CRAN R, и в этом случае предупреждения не было.   -  person amarchin    schedule 21.09.2016
comment
@amarchin, согласно github.com/IRkernel/IRkernel/issues/300, пожалуйста попробуйте установить XQuartz с сайта xquartz.org.   -  person jav    schedule 21.09.2016
comment
@jav, к сожалению, я уже пробовал этот вариант, но он мне не помог.   -  person amarchin    schedule 21.09.2016
comment
Я установил последнюю версию Quartz, а затем MRO. Такая же проблема 21.10.2016.   -  person JerryN    schedule 22.10.2016
comment
@amarchin ты пробовал версию Autobox?   -  person Tommaso Guerrini    schedule 22.11.2017

Ответы (2)


arrow_upward
5
arrow_downward

Для установки CRAN R я вижу, что R_X11.so ссылается на следующие библиотеки:

kevin@MBP:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules
$ otool -L R_X11.so
R_X11.so:
        R_X11.so (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)
        /opt/X11/lib/libSM.6.dylib (compatibility version 7.0.0, current version 7.1.0)
        /opt/X11/lib/libICE.6.dylib (compatibility version 10.0.0, current version 10.0.0)
        /usr/lib/libz.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.2.5)
        /opt/X11/lib/libX11.6.dylib (compatibility version 10.0.0, current version 10.0.0)
        /opt/X11/lib/libXext.6.dylib (compatibility version 11.0.0, current version 11.0.0)
        /opt/X11/lib/libXrender.1.dylib (compatibility version 5.0.0, current version 5.0.0)
        /usr/lib/libxml2.2.dylib (compatibility version 10.0.0, current version 10.9.0)
        /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1197.1.1)
        /usr/lib/libbz2.1.0.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.5)
        /opt/X11/lib/libXt.6.dylib (compatibility version 7.0.0, current version 7.0.0)
        /opt/X11/lib/libXmu.6.dylib (compatibility version 9.0.0, current version 9.0.0)
        /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/lib/libR.dylib (compatibility version 3.3.0, current version 3.3.1)
        /System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/Versions/A/CoreFoundation (compatibility version 150.0.0, current version 855.17.0)

Эта библиотека не ссылается на символ, который вы предлагаете:

kevin@MBP:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules
$ nm R_X11.so | grep CGBitmap

Однако для установки MRO я вижу следующие библиотеки + символы:

kevin@MBP:/Volumes/Samsung 850 EVO/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules
$ otool -L R_X11.so
R_X11.so:
        R_X11.so (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)
        /opt/X11/lib/libSM.6.dylib (compatibility version 7.0.0, current version 7.1.0)
        /opt/X11/lib/libICE.6.dylib (compatibility version 10.0.0, current version 10.0.0)
        /opt/X11/lib/libX11.6.dylib (compatibility version 10.0.0, current version 10.0.0)
        /opt/X11/lib/libXext.6.dylib (compatibility version 11.0.0, current version 11.0.0)
        /opt/X11/lib/libXrender.1.dylib (compatibility version 5.0.0, current version 5.0.0)
        /usr/lib/libexpat.1.dylib (compatibility version 7.0.0, current version 7.2.0)
        /opt/X11/lib/libXt.7.dylib (compatibility version 8.0.0, current version 8.0.0)
        /opt/X11/lib/libXmu.6.dylib (compatibility version 9.0.0, current version 9.0.0)
        /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3.1-MRO/Resources/lib/libR.dylib (compatibility version 3.3.0, current version 3.3.1)
        /System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/Versions/A/CoreFoundation (compatibility version 150.0.0, current version 1255.1.0)
        /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1225.1.1)

со ссылочными символами:

kevin@MBP:/Volumes/Samsung 850 EVO/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules
$ nm R_X11.so | grep CGBitmap
                 U _CGBitmapContextCreate

Эти символы обычно предоставляются CoreGraphics.framework:

kevin@MBP:/System/Library/Frameworks/CoreGraphics.framework/Versions/A
$ nm CoreGraphics | grep CGBitmapContext
0000000000046321 T _CGBitmapContextCreate
< ... other symbols ... >

Однако сгенерированный MRO R_X11.so не связан с этим, поэтому поиск этих символов завершается ошибкой.

Вкратце: Microsoft поставляет вам сломанное программное обеспечение, которое не содержит ссылок на библиотеки, предоставляющие необходимые символы. Вместо этого используйте предоставленные CRAN двоичные файлы R.

person Kevin Ushey    schedule 23.09.2016

arrow_upward
0
arrow_downward

У меня тоже была проблема. Проблема была решена после установки XQuartz и повторного входа в систему.

Примечание: для использования X11 (включая tcltk) требуется установить XQuartz, поскольку он больше не является частью ОС. X. Всегда переустанавливайте XQuartz при обновлении OS X до новой основной версии.

person Zack Jhuang    schedule 24.02.2017