Я пытался подогнать несколько GAM с помощью пакета mgcv
внутри функции и грубо выбрать наиболее подходящую модель с помощью процедур выбора модели. Но моя функция запускает первую модель, а затем, похоже, снова не распознает входные данные dat
.
я получаю ошибку
Ошибка в is.data.frame(data): объект 'dat' не найден.
Я думаю, что это проблема области видимости, и я просмотрел здесь и здесь за помощью, но не могу понять.
Код и данные следующие (надеюсь, воспроизводимые): https://github.com/cwaldock1/Help/blob/master/test_gam.csv
library(mgcv)
# Function to fit multiple models
best.mod <- function(dat) {
# Set up control structure
ctrl <- list(niterEM = 0, msVerbose = TRUE, optimMethod="L-BFGS-B")
# AR(1)
m1 <- get.models(dredge(gamm(Temp ~ s(Month, bs = "cc") + s(Date, bs = 'cr') + Year,
data = dat, correlation = corARMA(form = ~ 1|Year, p = 1),
control = ctrl)), subset=1)[[1]]
# AR(2)
m2 <- get.models(dredge(gamm(Temp ~ s(Month, bs = "cc") + s(Date, bs = 'cr') + Year,
data = dat, correlation = corARMA(form = ~ 1|Year, p = 2),
control = ctrl)), subset=1)[[1]]
# AR(3)
m3 <- get.models(dredge(gamm(Temp ~ s(Month, bs = "cc") + s(Date, bs = 'cr') + Year,
data = dat, correlation = corARMA(form = ~ 1|Year, p = 3),
control = ctrl)), subset = 1)[[1]]
### Select best model to work with based on unselective AIC criteria
if(AIC(m2$lme) > AIC(m1$lme)){mod = m1}else{mod = m2}
if(AIC(mod$lme) > AIC(m3$lme)){mod = m3}else{mod = mod}
return(mod$gam)
}
mod2 <- best.mod(dat = test_gam)
Любая помощь будет принята с благодарностью.
Спасибо, Конор
m1 <- dredge(gamm(Temp ~ s(Month, bs = "cc", k = k.month) + s(Date, bs = 'cr') + Year, data = dat, correlation = corARMA(form = ~ 1|Year, p = 1), control = ctrl))
функция не вылетает с этой ошибкой. - person Conor Waldock   schedule 03.08.2016