Я пытаюсь построить образцы и хромосомы в виде строк и столбцов, используя фасетную сетку в ggplot. Моя проблема в том, что каждая грань очень мала, учитывая, что у меня 25 хромосом и много образцов. Есть ли способ отобразить каждый аспект с его фактическим размером и прокрутить горизонтально и вертикально по образцам и хромосомам? Вот мой код
seg <- read.table("tmp.seg")
head(seg)
id chr start end test ref log2
2 114F chrY 9992443 10038173 2654 3818 -0.03
3 114F chrY 9969577 10015307 460 1286 -0.99
4 114F chrY 9946711 9992441 497 1348 -0.94
5 114F chrY 9923845 9969575 537 1254 -0.73
6 114F chrY 9900979 9946709 1040 2667 -0.86
7 114F chrY 9878113 9923843 700 2021 -1.03
p <- ggplot(seg) + geom_segment(aes(x=seg$start,y=seg$log2,xend=seg$end,yend=seg$log2,color=seg$log2),size=1) +
facet_grid(id~chr,scales="free_x") +
scale_color_gradient(limits=c(-1,1),low="blue", high="red") +
theme(panel.background=element_rect(fill="white")) + ylim(c(-2,2))
Результаты выглядят так
Как видите, фасет сжимает сюжет, в котором все детали внутри исчезают. Я хочу знать, как создать график с высоким разрешением, на котором можно прокручивать по горизонтали и вертикали, чтобы увидеть каждую хромосому в каждом образце с высокой детализацией.
заранее спасибо
ggsave("my_plot.pdf", plot = p, height = 18, width = 42, units = "in")
должно быть достаточно большим. - person Gregor Thomas   schedule 25.07.2016