ggplot фасетная сетка / обертка высокого разрешения

Я пытаюсь построить образцы и хромосомы в виде строк и столбцов, используя фасетную сетку в ggplot. Моя проблема в том, что каждая грань очень мала, учитывая, что у меня 25 хромосом и много образцов. Есть ли способ отобразить каждый аспект с его фактическим размером и прокрутить горизонтально и вертикально по образцам и хромосомам? Вот мой код

seg <- read.table("tmp.seg")
head(seg)
    id  chr   start      end test  ref       log2
2 114F chrY 9992443 10038173 2654 3818 -0.03
3 114F chrY 9969577 10015307  460 1286 -0.99
4 114F chrY 9946711  9992441  497 1348 -0.94
5 114F chrY 9923845  9969575  537 1254 -0.73
6 114F chrY 9900979  9946709 1040 2667 -0.86
7 114F chrY 9878113  9923843  700 2021 -1.03

p <- ggplot(seg) + geom_segment(aes(x=seg$start,y=seg$log2,xend=seg$end,yend=seg$log2,color=seg$log2),size=1) +
    facet_grid(id~chr,scales="free_x") + 
      scale_color_gradient(limits=c(-1,1),low="blue", high="red") +
        theme(panel.background=element_rect(fill="white")) + ylim(c(-2,2))

Результаты выглядят так

введите здесь описание изображения

Как видите, фасет сжимает сюжет, в котором все детали внутри исчезают. Я хочу знать, как создать график с высоким разрешением, на котором можно прокручивать по горизонтали и вертикали, чтобы увидеть каждую хромосому в каждом образце с высокой детализацией.

заранее спасибо


person user2694433    schedule 25.07.2016    source источник
comment
Сохраните его в файл, и вы можете указать любые размеры, которые хотите. ggsave("my_plot.pdf", plot = p, height = 18, width = 42, units = "in") должно быть достаточно большим.   -  person Gregor Thomas    schedule 25.07.2016
comment
@Gregor Спасибо за предложение, но проблема не в размере основного сюжета, а скорее в размере каждого аспекта. Фасет сжимает данные внутри каждой хромосомы, поэтому я думал о том, как сделать разрешение и размер каждого фасета достаточно большими, чтобы можно было прокручивать все точки в каждой хромосоме. Спасибо еще раз   -  person user2694433    schedule 25.07.2016
comment
Не уверен, что понимаю ... если основной сюжет больше, разве грани не будут больше? Разве нельзя было бы увеличить грани без увеличения основного сюжета?   -  person Gregor Thomas    schedule 25.07.2016


Ответы (1)


Используйте обертку facet_wrap с определенным количеством столбцов или строк. Например, facet_grid (id ~ chr, ncol = 4) разбивает вашу диаграмму на более ясное представление, но, к сожалению, не позволяет прокручивать диаграмму.

person Anindita Bhowmik    schedule 02.11.2017