lmer Получить значения p от anova

lmerTest был разработан как оболочка, позволяющая оценить p-values из анализа смешанной модели Лмера с использованием оценки Саттертуэйта степеней свободы знаменателя (ddf). Но lmerTest теперь кажется сломанным. В настоящее время он возвращает сообщение о внутренней ошибке вычисления и возвращает только результат lmer (без p-values). Мне удалось вычислить p-values из функции summary (), используя отличный код Дэна Мирмана для вычисления оценки Кенварда-Роджерса ddf. Но я не могу найти эквивалентный код для вычисления p-values в anova вызове модели lmer. Я подозреваю, что нужно просто накормить anova() ddf, но я не могу понять, как это сделать.

Заранее благодарим всех, кто может предложить решения этой проблемы.

Ларри Хансикер


person Larry Hunsicker    schedule 11.07.2016    source источник


Ответы (1)


lmerTest возвращает результат anova пакета lme4 всякий раз, когда возникает некоторая вычислительная ошибка при получении приближения Саттертуэйта (например, при вычислении ковариационной матрицы асимптотической дисперсии). LmerTest не нарушен, просто могут быть примеры, когда приближение Саттертуэйта не может быть вычислено. По моему опыту, это случается не часто.

person Alexandra    schedule 12.07.2016
comment
Мои извинения, Александра. Теперь я понимаю, что проблема заключается в вычислении приближения Саттертуэйта, а не в lmerTest. - person Larry Hunsicker; 12.07.2016
comment
Я также нашел ответ на свой вопрос выше. Функция anova в вашем пакете lmerTest дает возможность запросить приближение Кенвуда-Роджера для ddf (ddf = 'Ken'), и этот вызов вашего anova дает именно то, что я искал. Я не нашел способа запросить приближение K-R ddf в вашей функции lmer. Есть ли способ использовать KR в вашем lmer? В противном случае это может быть хорошим дополнением к вашему пакету. Спасибо за lmerTest. - person Larry Hunsicker; 12.07.2016
comment
Чтобы использовать приближение Кенварда-Роджера для anova, вы можете написать anova (model, ddf = kenw), а чтобы использовать его в итоговой функции, вы можете аналогичным образом написать: summary (model, ddf = kenw). Пакет lmerTest использует реализацию пакета pbkrtest приближения Кенварда-Роджера. - person Alexandra; 12.07.2016