Можно ли установить пакет биокондуктора «дождь» в ноутбуке R Jupyter?

Я хочу установить пакет дождя bioconductor для R в блокноте Jupyter. .

Я не могу установить этот пакет в блокноте Jupyter, следуя инструкциям, приведенным на веб-сайте, указанном выше, - в блокноте R Jupiter:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rain") 

Я получаю следующую ошибку:

Warning message:
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘gmp’ had non-zero exit statusWarning message:
In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...): installation of package ‘rain’ had non-zero exit status

Мне удалось установить другой пакет биокондуктора в Jupyter (DESeq2), используя следующее - в командной строке:

conda install bioconductor-deseq2

Но этот метод не работает для пакета rain, потому что, в отличие от deseq2, дождь не идет на облаке анаконды.

Можно ли установить пакет биокондуктора не на облако анаконды (как и пакет дождя) в Jupyter, и если да, то как?

Благодарю вас!


person A. Vislova    schedule 28.06.2016    source источник
comment
comment
Не совсем то же самое - моя проблема связана с установкой пакетов R специально для использования в программном обеспечении Jupyter Notebook.   -  person A. Vislova    schedule 28.06.2016


Ответы (1)


Я нашел решение своей проблемы. Есть два способа установить IRkernel: 1) с помощью CRAN+Github (инструкции: http://irkernel.github.io/) и 2) как пакет conda под названием r-irkernel. Более поздний метод, который я использовал, устанавливает и запускает собственную версию R conda, которая имеет более ограниченную функциональность с точки зрения пакетов, которые можно установить. Принимая во внимание, что метод CRAN + Github позволяет Jupyter использовать версию R, уже установленную на вашем компьютере, с любыми пакетами, которые он может запускать.

person A. Vislova    schedule 26.07.2016