Как показать расстояние между остатками в Pymol

С помощью этого PDB-файла и следующего PyMOL код:

cd /Users/foo/Desktop/
reinitialize
load pdp_4gg6CD1_I.pdb
as cartoon 
select chainI, chain I
select chainC, chain C 
select chainD, chain D 
show sticks, chainI
spectrum count, cyan_red, chainI
color yellow, chain C

Я могу сделать это изображение:

введите здесь описание изображения

Что я хочу сделать, так это показать расстояние между выбранными остатками в цепочке C (желтый) с цепочкой I (палка).

Выбранные остатки chainC, которые я хочу, это:

[9, 23, 25, 44, 53, 54, 55, 59, 62, 63, 66]

Y    Y   H   W  R   R   F    F   T  N    V

Как я могу это сделать?


python pymol
person neversaint    schedule 21.06.2016    source источник
comment
Вы хотите получить наименьшее расстояние между одним выбранным вами атомом из цепочки C и другим атомом из цепочки I? Получить расстояние от всех выбранных вами атомов до всех атомов в цепочке I проще, но ответ довольно запутанный.   -  person Maximilian Peters    schedule 25.06.2016
comment
@MaximilianPeters: Ближайший.   -  person neversaint    schedule 29.06.2016

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

  • Давайте воспользуемся cmd.iterate, чтобы получить все атомы в выборке (цепочка C и цепочка I) и запишем координаты и имя атома в словари для последующего использования.
  • Затем мы можем вычислить все расстояния между всеми атомами и записать ближайшие остатки и имена атомов в два списка (min_c и min_i)
  • На последнем шаге нам нужно только нарисовать объекты расстояния между ближайшими атомами, и все готово :)
from math import sqrt

def closestAtoms(list1=[9, 23, 25, 44, 53, 54, 55, 59, 62, 63, 66], list2=[5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17]):
    atoms = {}
    atoms2 = {}

    for r in list1:
        command = "chain C and resi %s" % (r)
        coordinates = {'atoms': []}
        cmd.iterate_state(-1, command, 'atoms.append([x, y, z, name])', space=coordinates)
        atoms[r] = coordinates['atoms']

    for i in list2:
        command = "chain I and resi %s" % (i)
        coordinates = {'atoms': []}
        cmd.iterate_state(-1, command, 'atoms.append([x, y, z, name])', space=coordinates)
        atoms2[i] = coordinates['atoms']

    for i in list2:
        min_dist = 10**3
        for c in list1:
            for cc in atoms[c]:
                for ii in atoms2[i]:
                    dist = sqrt((cc[0] - ii[0])**2 + (cc[1] - ii[1])**2 + (cc[2] - ii[2])**2)
                    if dist < min_dist:
                        min_dist = dist
                        min_c = [c, cc[3]]
                        min_i = [i, ii[3]]
        cmd.distance('dist_%s_%s' % (min_c[0], min_i[0]), 'chain C and resi %s and name %s' % (min_c[0], min_c[1]), 'chain I and resi %s and name %s' % (min_i[0], min_i[1]))

cmd.extend("closestAtoms", closestAtoms)
person Maximilian Peters    schedule 29.06.2016