У меня была такая же проблема, и, немного повозившись, я нашел способ отредактировать Z-индекс моего заголовка.

Amp указывает необходимый z-индекс, но вы можете настроить эти значения. Например:

    header {
        position: fixed;
        z-index: -2000;
        width: 100%;
        background-color: black;
        opacity: 0.7;
        color: white;
    }

Это код CSS моего заголовка, хитрость здесь заключается в использовании отрицательного z-индекса. Amp примет значение по умолчанию, добавит z-индекс из стиля (в данном случае отрицательный) и поместит результат в CSS.

Таким образом, в моем случае вычисленный z-индекс заголовка меньше, чем у боковой панели, и поэтому боковая панель оказывается поверх заголовка.

Надеюсь это поможет.

Довольно ограниченные возможности

Учитывая, что часть намерения amp состоит в том, чтобы подтолкнуть разработчиков к стандарту пользовательского интерфейса (где боковая панель всегда должна занимать всю высоту окна), вам придется слегка нарушить его.

примечание: по-видимому, jQuery не вариант.

Используйте поля на боковой панели

amp-sidebar {
    margin-top: 10em;
    margin-left: 5vw;
}

В конце концов, отправьте отчет об ошибке здесь:

https://github.com/ampproject/amp-by-example/issues/new

Сверните свой собственный усилитель

1. Сообщить об ошибке
2. Разветвите репозиторий github.
3. Исправьте ошибку, установив z-индекс боковой панели выше.
4. Используйте свой пропатченный репозиторий.
5. Отправьте запрос на вытягивание в репозиторий главного усилителя (исправляет ошибку, о которой вы сообщили).

Это действительно правильный способ справиться с этими сценариями.