как сгруппировать последовательные строки?

Если я правильно понимаю опубликованную проблему, то ваш CTE эффективно определяет периоды времени (или интервалы) для всех ваших сигналов тревоги. Ваше последнее предложение выбора объединяет фактическую информацию о тревоге с вашими интервалами тревоги. Часть вашей проблемы заключается в том, что ваша система сигнализации будет продолжать регистрировать записи «Сканирование тревог», если ваша тревога остается активной в течение длительного периода времени (я предполагаю, что дольше, чем ваш цикл сканирования тревог), что эффективно приводит к разделению активных тревог. Если у вас есть SQL Server 2012 или более поздней версии, то относительно легко определить, было ли событие тревоги разделено. Вам просто нужно проверить, совпадает ли время окончания тревоги со временем начала следующей тревоги того же типа. Этого можно добиться с помощью функции оконной функции LAG в версии 2012.
Следующим шагом является создание идентификатора, по которому можно сгруппировать будильник, чтобы можно было объединять разделенные события. Это достигается с помощью предложения SUM OVER. В следующем примере показано, как этого можно достичь:

;WITH AlarmTimeBuckets
AS 
(
    SELECT       EventStart.Ev_Comment AS StartDateTime 
                ,MIN(COALESCE (EventEnd.Ev_Comment, EventStart.Ev_Comment)) AS EndDateTime
                ,EventStart.Ev_Message As Machine
    FROM         A EventStart 
    INNER JOIN   A EventEnd ON EventStart.Ev_Comment < EventEnd.Ev_Comment AND EventStart.Ev_Custom1 = 'Alarms Scanned' AND EventEnd.Ev_Custom1 = 'Alarms Scanned' AND EventStart.Ev_Message = EventEnd.Ev_Message
    GROUP BY     EventStart.Ev_Message, EventStart.Ev_Comment
),
AlarmsByTimeBucket
AS
(
    SELECT      AlarmTimeBuckets.Machine
               ,AlarmTimeBuckets.StartDateTime
               ,AlarmTimeBuckets.EndDateTime 
               ,Alarm.Ev_Custom1 AS Alarm
               ,(
                 CASE
                    WHEN LAG(AlarmTimeBuckets.EndDateTime, 1, NULL) OVER (PARTITION BY Alarm.Ev_Custom1,Alarm.Ev_Message ORDER BY AlarmTimeBuckets.StartDateTime) = AlarmTimeBuckets.StartDateTime THEN 0
                    ELSE 1
                 END
                ) AS IsNewEvent
    FROM       A Alarm 
    INNER JOIN AlarmTimeBuckets  ON Alarm.Ev_Message = AlarmTimeBuckets.Machine AND  Alarm.Ev_Comment = AlarmTimeBuckets.StartDateTime
    WHERE     (Alarm.Ev_Custom1 <> 'Alarms Scanned')
)
,
AlarmsByGroupingID
AS
(
    SELECT   Machine
            ,StartDateTime
            ,EndDateTime
            ,Alarm
            ,SUM(IsNewEvent) OVER (ORDER BY Machine, Alarm, StartDateTime) AS GroupingID
    FROM    AlarmsByTimeBucket
)
SELECT       MAX(Machine) AS Machine
            ,MIN(StartDateTime) AS StartDateTime
            ,MAX(EndDateTime) AS EndDateTime
            ,MAX(Alarm) AS Alarm
FROM        AlarmsByGroupingID
GROUP BY    GroupingID
ORDER BY    StartDateTime

Я также обновил вашу ссылку на sqlfiddle, добавив обновления ниже. В вашем окончательном наборе результатов вам нужно установить номер строки и вернуться к нему на EV_CUSTOM1, START_TIME = END_TIME (как вы подозревали), а также номер строки = номер строки +1. Вот как вы можете определить, относятся ли два события к одному и тому же периоду. Было бы немного проще, если бы вы работали на Sql Server 2012+, где у вас есть доступные функции LAG/LEAD, как указал @EdmondQuinton в своем ответе.

WITH T AS (SELECT  s.Ev_Comment AS start_time, MIN(COALESCE (e.Ev_Comment, s.Ev_Comment)) AS end_time           
           FROM A AS s 
           INNER JOIN A AS e 
           ON s.Ev_Comment < e.Ev_Comment 
           AND s.Ev_Custom1 = 'Alarms Scanned' 
           AND e.Ev_Custom1 = 'Alarms Scanned'
           GROUP BY s.Ev_Comment
          ),

T2 AS(SELECT T_1.start_time, T_1.end_time, A.Ev_Custom1,
             ROW_NUMBER() OVER (PARTITION BY EV_CUSTOM1 ORDER BY T_1.START_TIME) RN
      FROM  A 
      INNER JOIN
      T AS T_1 
      ON A.Ev_Comment LIKE T_1.start_time
      WHERE (A.Ev_Custom1 <> 'Alarms Scanned')
      )

select 
  coalesce(b.START_TIME, a.START_TIME) START_TIME, 
  max(a.END_TIME) END_TIME, 
  a.EV_CUSTOM1
from T2 a
left outer join T2 b
on a.EV_CUSTOM1 = b.EV_CUSTOM1
and a.START_TIME = b.END_TIME
and a.RN = b.RN+1
group by coalesce(b.START_TIME, a.START_TIME), 
         a.EV_CUSTOM1