Отображение основных компонентов, отличных от значений по умолчанию, с помощью автоплота (ggfortify)

Я хотел бы построить график PC2 против PC3, используя функцию autoplot() пакета ggfortify. По умолчанию отображаются только ПК1 и ПК2:

library(ggfortify)
myPCA <- prcomp(iris[-5])
autoplot(myPCA)

Я могу получить то, что хочу, переупорядочив и переименовав столбцы в объекте prcomp:

myPCAtrunc <- myPCA
myPCAtrunc[[1]] <- myPCAtrunc[[1]][c(2,3,1,4)]
myPCAtrunc[[2]] <- myPCAtrunc[[2]][,c(2,3,1,4)]
colnames(myPCAtrunc[[2]]) <- c("PC1","PC2","PC3","PC4") # fake names
myPCAtrunc[[5]] <- myPCAtrunc[[5]][,c(2,3,1,4)]
colnames(myPCAtrunc[[5]]) <- c("PC1","PC2","PC3","PC4") # fake names
autoplot(myPCAtrunc, xlab = "PC2", ylab="PC3")

Я знаю, что это правильно, потому что это то же самое, что и plot(myPCA$x[, c(2,3)]).

Но должен быть более чистый способ решить эту проблему. Некоторые идеи?


r ggplot2 pca ggfortify
person albifrons    schedule 09.03.2016    source источник

Ответы (3)


arrow_upward
1
arrow_downward

если посмотреть на вызываемый метод, похоже, что он предназначен только для построения графиков PC1 и PC2:

getS3method("autoplot", class(myPCA) )
> ...
> if (is_derived_from(object, "prcomp")) {
>        x.column <- "PC1"
>        y.column <- "PC2"
>       loadings.column <- "rotation"
>    }
> ...

в случае, если это вариант для вас, я предлагаю вам использовать пакет ggbiplot и установить аргумент choices:

library(ggbiplot)
ggbiplot(myPCA, choices = 2:3 , var.axes =FALSE)

введите здесь описание изображения

person David Heckmann    schedule 09.03.2016
comment
Спасибо, @David H, похоже, это помогло! Похоже, что только ggbiplot ’недоступен для R версии 3.2.3. А пока я думаю о создании специальной функции. Это было очень полезно, еще раз спасибо. - person albifrons; 09.03.2016
comment
к сожалению, я, вероятно, получил его с github (github.com/vqv/ggbiplot). попробуйте library(devtools) install_github("vqv/ggbiplot"), если хотите сэкономить немного работы :) - person David Heckmann; 09.03.2016
comment
Отлично, это работает. Спасибо, Дэвид. - person albifrons; 09.03.2016

arrow_upward
15
arrow_downward

Эта проблема была недавно решена (здесь).

autoplot(myPCA,    # your prcomp object
         x = 2,    # PC2
         y = 3)    # PC3
person eotp    schedule 26.04.2017

arrow_upward
1
arrow_downward

Что вы могли сделать, так это изменить свой объект prcomp. А затем измените метку y следующим образом:

pca_test=pca
pca_test$x=pca_test$x[,c(1,3)]
colnames(pca_test$x)=c("PC1","PC2")
pca_test$rotation=pca_test$rotation[,c(1,3)]
colnames(pca_test$rotation)=c("PC1","PC2")

autoplot(pca_test,data=df,colour='study',shape='species')+scale_color_manual(values=c("Red","Blue","Green","Purple","Brown","Orange","Black"))+scale_fill_manual(values=c("Red","Blue","Green","Purple","Brown","Orange","Black"))+theme_bw()+ylab("PC3")

Надеюсь, это поможет!

JC

person JC Grenier    schedule 17.02.2017