Jgit: как показать измененные файлы в коммите слияния

Насколько я понимаю, вам просто нужно объединить различия родителей коммита слияния с их соответствующими родителями.

Фрагмент ниже создает два коммита с каждым добавленным файлом (main.txt и side.txt), затем коммит слияния отличается, как описано выше.

public void diffMerge() throws Exception {
  RevCommit baseCommit = commitChanges();
  Ref sideBranch = git.branchCreate().setName( "side" ).call();
  File mainFile = new File( git.getRepository().getWorkTree(), "main.txt" );
  mainFile.createNewFile();
  RevCommit mainCommit = commitChanges();
  git.checkout().setName( sideBranch.getName() ).call();
  File sideFile = new File( git.getRepository().getWorkTree(), "side.txt" );
  sideFile.createNewFile();
  RevCommit sideCommit = commitChanges();
  git.checkout().setName( "refs/heads/master" ).call();
  ObjectId mergeCommitId = git.merge().include( sideCommit ).call().getNewHead();

  DiffFormatter diffFormatter = new DiffFormatter( NullOutputStream.INSTANCE );
  diffFormatter.setRepository( git.getRepository() );
  RevCommit mergeCommit = parseCommit( mergeCommitId );
  List<DiffEntry> mainEntries = diffFormatter.scan( parseCommit( mergeCommit.getParent( 0 ) ).getParent( 0 ), mergeCommit.getParent( 0 ) );
  List<DiffEntry> sideEntries = diffFormatter.scan( parseCommit( mergeCommit.getParent( 1 ) ).getParent( 0 ), mergeCommit.getParent( 1 ) );
  diffFormatter.close();

  mainEntries.forEach( entry -> System.out.println( entry.getNewPath() ) );
  sideEntries.forEach( entry -> System.out.println( entry.getNewPath() ) );
}

private RevCommit parseCommit( ObjectId commitId ) throws IOException {
  try( RevWalk revWalk = new RevWalk( git.getRepository() ) ) {
    return revWalk.parseCommit( commitId );
  }
}

private RevCommit commitChanges() throws GitAPIException {
  git.add().addFilepattern( "." ).call();
  return git.commit().setMessage( "commit message" ).call();
}

Обратите внимание, что код слепо предполагает, что родители коммитов слияния сами по себе не являются слияниями.