Почему два двоичных файла программ только с комментариями, измененные в точности, не совпадают в gcc?

Это потому, что имена файлов разные (хотя вывод строк такой же). Если вы попытаетесь изменить сам файл (вместо того, чтобы иметь два файла), вы заметите, что выходные двоичные файлы больше не отличаются. Как и Йенс, и я сказали, это потому, что GCC выгружает целую загрузку метаданных в двоичные файлы, которые он создает, включая точное имя исходного файла (и AFAICS так же лязгает).

Попробуй это:

$ cp code.c code2.c subdir/code.c
$ gcc code.c -o a
$ gcc code2.c -o b
$ gcc subdir/code.c -o a2
$ diff a b
Binary files a and b differ
$ diff a2 b
Binary files a2 and b differ
$ diff -s a a2
Files a and a2 are identical

Это объясняет, почему ваши md5sums не меняются между сборками, но они различны для разных файлов. Если хотите, вы можете сделать то, что предложил Йенс, и сравнить вывод strings для каждого двоичного файла. Вы заметите, что имена файлов встроены в двоичный файл. Если вы хотите "исправить" это, вы можете strip двоичные файлы, и метаданные будут удалены:

$ strip a a2 b
$ diff -s a b
Files a and b are identical
$ diff -s a2 b
Files a2 and b are identical
$ diff -s a a2
Files a and a2 are identical

Наиболее частая причина - это имена файлов и отметки времени, добавляемые компилятором (обычно в части отладочной информации в разделах ELF).

Попробуй бежать

 $ strings -a program > x
 ...recompile program...
 $ strings -a program > y
 $ diff x y

и вы можете увидеть причину. Однажды я использовал это, чтобы понять, почему один и тот же источник вызывает разный код при компиляции в разных каталогах. Было обнаружено, что макрос __FILE__ расширился до абсолютного имени файла, различающегося в обоих деревьях.

Примечание: помните, что имя исходного файла входит в распакованный двоичный файл, поэтому две программы, полученные из исходных файлов с разными именами, будут иметь разные хеши.

В аналогичных ситуациях, если вышеуказанное не применимо, вы можете попробовать:

• запуск strip против двоичного файла, чтобы удалить немного жира. Если вырезанные двоичные файлы одинаковы, значит, это были некоторые метаданные, которые не важны для работы программы.
• создание промежуточного вывода сборки, чтобы убедиться, что разница не в фактических инструкциях ЦП (или, тем не менее, чтобы лучше определить, где разница на самом деле )
• используйте strings или выгрузите обе программы в шестнадцатеричный формат и выполните сравнение двух шестнадцатеричных дампа. Обнаружив разницу (я), вы можете попытаться увидеть, есть ли у них какая-то рифма или причина (PID, временные метки, временная метка исходного файла ...). Например, у вас может быть обычная процедура для сохранения метки времени во время компиляции для диагностические цели.