Я получаю странное поведение флажков внутри NSPopover на OS X 10.10.3.
Цвета флажков искажены, но другие элементы, такие как обычные кнопки или метки, имеют правильные цвета.
Верхнее изображение: как NSPopover отображается в запущенном приложении (черный фон — из другого приложения).
Нижнее изображение: представление NSPopover в Interface Builder.