график proROC как объект?

Я хотел бы построить ОБЪЕКТ графика rPOC, который я могу передать функции и построить позже. В приведенном ниже примере (взято из здесь) я, безусловно, могу построить кривую ROC. Но я хотел бы создать ОБЪЕКТ сюжета (скажем, определив g ‹-, а затем построив его с помощью plot(g)). Кажется, что график функций ciobj, ci ниже добавит к исходному графику, но я не могу сделать ОБЪЕКТ, собирая эти слои вместе. Я попробовал аргумент «добавить» и создал новые объекты графика с возвращаемыми значениями этих функций графика.

library(pROC)
data(aSAH)
rocobj <- plot.roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b,  main="Confidence intervals", percent=TRUE,  ci=TRUE,  print.auc=TRUE)
ciobj <- ci.se(rocobj, specificities=seq(0, 100, 5))
plot(ciobj, type="shape", col="#1c61b6AA") 
plot(ci(rocobj, of="thresholds", thresholds="best"))

r plot ggplot2 roc proc-r-package
person jpmorris    schedule 20.07.2015    source источник
comment
Вы действительно не можете. Эти функции используют базовую графику, которая работает путем рисования непосредственно на графическом устройстве. Объект не создается, как при работе с графикой решетки или ggplot. Как вы думаете, зачем вам нужен объект? Что вы планируете с ним делать?   -  person MrFlick    schedule 20.07.2015
comment
чтобы мой код был как можно более СУХИМ. У меня есть потребность в построении различных кривых ROC (среди прочего) для разных документов, которые могут сильно измениться. Я просто создавал общие функции построения графиков, которые я могу легко использовать при необходимости, поэтому мне не нужно много раз повторять аналогичный код в одном файле и избегать идентичного кода в нескольких документах (документ knitr, презентация «ReporteRs» и т. д.)   -  person jpmorris    schedule 20.07.2015
comment
Затем просто оберните свои команды в функцию, которую вы можете вызывать, когда вам нужно построить данные. Вместо того, чтобы сохранять объекты графика, вы можете хранить функции построения графика.   -  person MrFlick    schedule 20.07.2015
comment
Недавно был представлен пакет Пола Мюррелла (автора grid pkg), который может делать что-то подобное. IIRC, имя pkg — gridSVG, и он пытается создать файл SVG из вызова базовой графики. И затем (я думаю) вы можете импортировать этот файл для дальнейших манипуляций.   -  person IRTFM    schedule 20.07.2015
comment
MrFlick: Спасибо. Я предполагаю, что проблема в том, что пакет ReporteRs, который добавляет графики (в моем случае addImage), не улавливает «слои», которые я добавляю к графику (последние два графика выше). Это может быть что-то, что я делаю неправильно, или сам пакет, но, несмотря на то, что в rstudio он отлично отображается, я теряю эти слои. Но, возможно, мне просто нужно поковыряться в этом пакете BondedDust: спасибо, я посмотрю.   -  person jpmorris    schedule 20.07.2015
comment
@BondedDust, хотя и относится к gridSVG (тот же автор), пакет, на который вы ссылаетесь, вероятно, gridGraphics (ссылка в формате pdf), и не работает с SVG напрямую, а скорее пытается воспроизвести текущую графическую сцену как объект сетки.   -  person baptiste    schedule 20.07.2015

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Как упомянул MrFlick, вы можете передавать функции вместо объекта. В качестве альтернативы вы можете передавать необработанные вызовы функций и оценивать их внутри своей функции. Например:

library(pROC)
data(aSAH)


plot1 <- quote(plot(rocobj, main="Confidence intervals", print.auc=TRUE))
plot2 <- quote(plot(ci.se(rocobj, specificities=seq(0, 100, 5)), type="shape", col="#1c61b6AA"))
plot3 <- quote(plot(ci(rocobj, of="thresholds", thresholds="best")))

doplots <- function(rocobj, calls) {
  for (call in calls) {
    eval(call)
  }
  invisible(rocobj)
}

roc1 <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b, percent = TRUE)
doplots(roc1, list(plot1, plot2, plot3))

roc2 <- roc(aSAH$outcome, aSAH$wfns, percent = TRUE)
doplots(roc2, list(plot1, plot3))

Нет предела тому, что вы можете сделать, кроме вашего терпения к правилам оценки R.

person Calimo    schedule 20.07.2015
comment
Калимо спасибо за ответ. Проблема в том, что мне нужна функция, которая будет возвращать 2 вещи: объект графика и таблицу (потому что для настройки plot1,2,3 выше есть некоторое моделирование, которое возвращает дополнительный вывод, который я хочу вернуть из функции.) Это можно изменить ваш код, поэтому у меня есть функция, которую я могу использовать для возврата 1) функции для перехода к функции ReporteRs (addPlot(... FUN =...) и 2) таблицы с данными для передачи добавитьFlexTable()? Теперь я знаю, что не могу передать сюжетный объект, но, может быть, список? Но я не уверен, как получить функцию в списке или возможно ли это вообще. - person jpmorris; 20.07.2015
comment
Если ваша функция возвращает несколько вещей, они должны быть заключены в список. Этот список может содержать что угодно: вызовы, объекты roc, таблицы и т. д., и вы можете запрограммировать принимающую функцию так, чтобы она принимала что угодно. Но это выходит за рамки этого самого вопроса о передаче объектов сюжета - мое решение этого вопроса вызывает. - person Calimo; 21.07.2015
comment
Хорошо, я узнал, как это сделать, спасибо за вашу помощь. Для всех остальных: мне не нужно было вкладывать функцию или что-то в этом роде. Я просто использовал три приведенные выше функции построения графика (без «кавычек») в функции, а затем передал ей «объект» roc из другой функции, которая выполняла анализ. Я использовал эту функцию графика для генерации графика и сгенерировал roc из другой функции, в которую я передал любую другую информацию в виде списка. - person jpmorris; 21.07.2015