Не удается объединить файлы dcd в VMD с помощью инструмента catdcd

У меня есть набор файлов dcd, которые я хочу объединить в один (длинный) файл dcd. Я вставил в VMD Tkconsole (версия VMD: 1.9.2) следующий код:

catdcd -o output.dcd -i indexFile.ind input1.dcd input2.dcd input3.dcd

и у меня была следующая ошибка:

wrong # args: should be "catdcdList dcdFileNames outFile indexFile stride"

поэтому я написал:

catdcdList -d input1.dcd input2.dcd input3.dcd -o output.dcd -i indexFile.ind -s 1

Несмотря на то, что команда catdcdList распознана (выделена зеленым цветом), у меня все еще есть точно такое же сообщение об ошибке. Я попробовал небольшие изменения в своем запросе, но я продолжаю получать вышеуказанное сообщение об ошибке. Второй пример с официальной веб-страницы catdcd также не работает.


tcl vmd
person dada    schedule 16.07.2015    source источник
comment
Похоже, он хочет, чтобы первым аргументом был список, и никаких опций: catdcdList {input1.dcd input2.dcd input3.dcd} output.dcd indexFile.ind 1   -  person glenn jackman    schedule 16.07.2015
comment
Это тоже не работает. Пробовал класть оставшиеся файлы между объятиями, все равно не получается.   -  person dada    schedule 21.07.2015
comment
Я переустановил пакет vmd. Теперь catdcd распознается. Однако, когда я набираю catdcd input1.dcd input2.dcd -o test.dcd , у меня возникает эта ошибка: Error: input2.dcd exists already. catdcd will not be run because that would append to this file.   -  person dada    schedule 21.07.2015

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

У меня была такая же проблема с catdcd на моем ноутбуке с Ubuntu 15.10.

Чтобы заставить его работать, я добавил каталог catdcd в свой PATH.

Как это сделать (обратите внимание, мои инструкции постоянно добавляют catdcd в PATH):

1) Перейдите в каталог /home/user. С помощью команды ls -a вы должны увидеть файл с именем .bashrc (не забудьте "."; это важно и означает, что файл является скрытым файлом).

2) Откройте .bashrc с помощью gedit (или аналогичного текстового редактора). Если хотите, можете сделать резервную копию .bashrc (например, cp .bashrc ./.bashrc_bkup).

3) В конце .bashrc добавьте это:

экспорт PATH="/usr/local/lib/vmd/plugins/LINUXAMD64/bin/catdcd5.1:$PATH"

Этот каталог устанавливается по умолчанию при настройке VMD 1.9.2. Обратите внимание, что у вас может быть установлена ​​другая версия catdcd (например, catdcd4.0 с веб-сайта VMD). В любом случае вам нужно будет найти каталог, соответствующий файлу catdcd на вашем компьютере.

4) Закройте и снова откройте терминал. Введите команду $PATH, чтобы убедиться, что этот каталог существует.

5) Вы должны иметь возможность набрать «catdcd» в терминале (не открывая vmd), и теперь он должен распознать команду. Вы также должны иметь возможность использовать catdcd в tkconsole, но мне проще использовать его в терминале.

person PeaWagon    schedule 16.06.2016