Интеллектуальный анализ текста при сканировании: ошибка EOF в строке с кавычками

Мне нужно преобразовать 24 файла PDF в папке в файлы txt, чтобы я мог выполнить их семантический анализ. Я взглянул на это вопрос, оттуда и исходил. Однако после того, как код заработал в первый раз, я изменил некоторые вещи, и теперь я получаю следующую ошибку:

In scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  :
  EOF within quoted string

Из-за этого то, что сохраняется в переменной bodies в приведенном ниже коде, представляет собой просто список из 24 пробелов, и я получаю 24 пустых текстовых файла (в дополнение к 24 текстовым файлам, которые создаются путем преобразования PDF-файлов в txt) . Я не уверен, что я сделал неправильно - в какой-то момент этот код работал!

Я уже просмотрел, что смог найти по этой ошибке, но те связаны с read.csv, и предложенные ими исправления (настройка white.space=TRUE и quote="") не сработали.

Вот код (ошибка в строке 20-23):

# folder with journal articles
PDFfolder_path <- "~/Dropbox/The Egoist PDFs/PDFs"
# vector of PDF file names
PDFfiles <- list.files(path=PDFfolder_path, pattern="*.pdf", full.names=TRUE)
# location of pdftotext.exe file
converter <- "~/Widgets/PDFConverter/bin64/pdftotext"
# folder with text files
textfolder_path <- "~/Dropbox/The Egoist PDFs/textfiles"

# convert PDFs in origin folder into txt files
lapply(PDFfiles, function(i) {
  system(paste(converter, paste0('"', i, '"')), wait=FALSE)
})
# it takes DropBox a bit of time to catch all of the folders
# without this we only end up with 23 txt files for some reason
Sys.sleep(.5)
txtfiles_in_PDFfolder_path <- list.files(path=PDFfolder_path, pattern="*.txt", full.names=TRUE)

# extracting only the Bodies of the articles
bodies <- lapply(txtfiles_in_PDFfolder_path, function(i){
  j <- paste0(scan(i, what = character()),  collapse = " ")
  regmatches(j, gregexpr("(?<=Published).*?(?=Prepaid Advertisements)", j, perl=TRUE))
})

# write article-bodies into txt files
lapply(1:length(bodies), function(i){
  write.table(bodies[i], file=paste(txtfiles_in_PDFfolder_path[i], "body", "txt", sep="."), quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=FALSE, eol=" ")
})

РЕДАКТИРОВАТЬ: Еще немного о результате переменной bodies: результатом является список из 24, который принимает следующую форму (на консоли R Studio я не уверен, что это фактическое имя): bodys: list of 24 :Список из 1 ..$ : chr(0) :Список из 1 ..$ : chr(0) (повторяется 24 раза)

Но я не могу понять, почему это chr(0) - я думаю, что это как-то связано с теми же вещами, которые происходят здесь - я точно не улавливаю все строки.

Я перепробовал все, что мог придумать, даже поменял readLines() на scan(), и посмотрел, не поможет ли это. Я даже поменял scan() на read.table(), но оказывается, что read.table() сам полагается на scan! Итак... Я застрял, и я просто работаю по кругу.