Могу ли я получить некоторую помощь здесь? Кто-нибудь сталкивался со следующей ошибкой в plink (набор инструментов для анализа ассоциаций всего генома) при преобразовании из формата «ped», «map» в двоичный аналог «bed», «bim», «fam»? Я использую Linux и plink v1.90b3j.
Error: Line 1 of .ped file has fewer tokens than expected.
Я использую эту команду в скрипте Python, чтобы запустить ее для десятков файлов:
plink --file S205 --out S205 --make-bed
Только для 2 файлов из 32 в этом случае я получаю эту ошибку. Файл точно такой же, как и все остальные, поскольку все они также были сделаны ранее с помощью одного и того же скрипта. Семейный, отцовский, материнский идентификаторы и пол одинаковы для всех образцов, и, как я уже сказал, аллельная информация записывается точно так же, как и все остальные 30 рабочих файлов.
Я заметил, что ошибка меняется на следующую, когда я меняю кодировку окончания строки на «Windows». Другие хорошие файлы работают с любым типом окончания строки (Unix, Win, Mac).
Error: Line 4009 of .bim file has fewer tokens than expected.
В качестве примера оставляю здесь первый и последний X столбцов рабочего *.ped (S209) и нерабочего (S204).
S209 S209 0 0 1 1 C C C C T T T T ... G G G G G G
S204 S204 0 0 1 1 T T T T G G G G ... G G G G C C
Спасибо! Даниэль
