Почему мой подкласс не может получить доступ к защищенной переменной своего суперкласса, если он находится в другом пакете?

Это работает, но только вы, дети, пытаетесь получить доступ к этой собственной переменной, а не к переменной другого экземпляра (даже если она принадлежит к тому же дереву наследования).

Посмотрите этот пример кода, чтобы понять его лучше:

//in Parent.java
package parentpackage;
public class Parent {
    protected String parentVariable = "whatever";// define protected variable
}

// in Children.java
package childenpackage;
import parentpackage.Parent;

class Children extends Parent {
    Children(Parent withParent ){
        System.out.println( this.parentVariable );// works well.
        //System.out.print(withParent.parentVariable);// doesn't work
    } 
}

Если мы попытаемся скомпилировать с использованием withParent.parentVariable, мы получим:

Children.java:8: parentVariable has protected access in parentpackage.Parent
    System.out.print(withParent.parentVariable);

Он доступен, но только для своей собственной переменной.

Небольшое предостережение относительно защищенного:

6.6.2 Подробная информация о защищенном доступе

Доступ к защищенному члену или конструктору объекта возможен из-за пределов пакета, в котором он объявлен, только кодом, отвечающим за реализацию этого объекта.

Если protected, ваш экземпляр Join не может получить доступ к mStructure в других экземплярах (relRight, relLeft) вне пакета.

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Таблица здесь достаточно хорошо объясняет эту ситуацию. Я отметил виновника в вашем вопросе []s

Access Levels
Modifier    Class Package Subclass  World
public      Y     Y       Y         Y
protected   Y    [Y]      Y         N
no modifier Y     Y       N         N
private     Y     N       N         N

Проблема в том, что вы обращаетесь к другому члену, защищенному экземпляром.

Вы можете применить несколько решений, например, если возможно, вы можете объявить в родительском классе эти два метода:

protected void copyRelationStructure(Relation r) {
  this.copyStructure(r.mStructure);
}

protected void mergeRelationStructure(Relation r) {
  for (final Header header: r.mStructure) {
    if (!mStructure.contains(header)) {
      mStructure.add(header);
    }
  }
}

А затем в детском коде замените:

this.copyStructure(mRelLeft.mStructure);

for (final Header header :mRelRight.mStructure) {
  if (!mStructure.contains(header)) {
    mStructure.add(header);
  }
}

С:

this.copyRelationStructure(mRelLeft);
this.mergeRelationStructure(mRelRight);

Это должно сработать. Теперь Relation несет ответственность за предоставление методов, позволяющих выполнять операции с внутренними элементами для своих дочерних элементов. Вероятно, причина этой политики заключается в том, что дети не должны связываться с внутренними компонентами родителей, если только они не являются частью одного и того же пакета программного обеспечения, чтобы ограничить несовместимости.