Добавить растровое изображение в файл HDF5 с помощью h5py

Прошу прощения, если это вопрос новичка, но я новичок в Python и HDF5. Я использую h5py, numpy и Python 2.7. У меня есть данные из разных файлов, которые нужно импортировать в один файл HDF5. Данные из каждого файла должны храниться в отдельной группе. Каждая из этих групп должна содержать 1) необработанные данные из файла в виде матрицы m x n и 2) растр изображения, сгенерированный из нормализованных необработанных данных.

Я могу выполнить часть 1 и нормализовать данные, но я не могу записать эти нормализованные данные в растровое изображение, потому что я не знаю, как добавить растровое изображение в группу. Кажется, что должен быть простой и понятный способ сделать это, но я прочитал документацию и не нашел его. Как это сделать в h5py, и если это невозможно сделать с помощью h5py, что мне для этого использовать?

Спасибо!!


python numpy h5py hdf5 raster
person pyguy    schedule 19.04.2015    source источник
comment
Является ли растровое изображение массивом numpy? Данные тоже являются массивом? Перечитайте h5py документацию. Я считаю, что массив numpy - это основная единица данных, которую вы можете добавить с помощью этого пакета.   -  person hpaulj    schedule 19.04.2015
comment
docs.h5py.org/en/latest/high/dataset.html - create_dataset - это основной механизм для добавления нескольких массивов в группу.   -  person hpaulj    schedule 19.04.2015
comment
Я могу добавить массив данных в виде матрицы m x n, но как мне добавить его, чтобы он отображался как изображение; такие как здесь: ссылка с использованием h5py?   -  person pyguy    schedule 19.04.2015
comment
Возможно, h5py не включил этот API изображений в свой порт. Возможно, вам придется спросить разработчиков: github.com/h5py/h5py   -  person hpaulj    schedule 19.04.2015
comment
почему бы не сохранить массив как есть, а затем создать отдельный matplotlib код, который отображает его как изображение?   -  person dbliss    schedule 19.04.2015

Ответы (1)


arrow_upward
8
arrow_downward

В изображениях HDF5 нет ничего особенного. Предоставленная вами ссылка предназначена для привязок библиотеки высокого уровня. Вы также можете легко использовать спецификации изображений в HDF5, которые это просто атрибуты.

Вот очень грубый пример:

#!/usr/bin/env python

import numpy as np
import h5py

# Define a color palette
pal =  np.array([[0,     0, 168],
                 [0,     0, 252],
                 [0,   168, 252],
                 [84,  252, 252],
                 [168, 252, 168],
                 [0,   252, 168],
                 [252, 252,  84],
                 [252, 168,   0],
                 [252,   0,   0]],
                 dtype=np.uint8
               )

# Generate some data/image
x = np.linspace(0,pal.shape[0]-1)
data,Y = np.meshgrid(x,x)

# Create the HDF5 file
f = h5py.File('test.h5', 'w')

# Create the image and palette dataspaces
dset = f.create_dataset('img', data=data)
pset = f.create_dataset('palette', data=pal)

# Set the image attributes
dset.attrs['CLASS'] = 'IMAGE'
dset.attrs['IMAGE_VERSION'] = '1.2'
dset.attrs['IMAGE_SUBCLASS'] =  'IMAGE_INDEXED'
dset.attrs['IMAGE_MINMAXRANGE'] = np.array([0,255], dtype=np.uint8)
dset.attrs['PALETTE'] = pset.ref

# Set the palette attributes
pset.attrs['CLASS'] = 'PALETTE'
pset.attrs['PAL_VERSION'] = '1.2'
pset.attrs['PAL_COLORMODEL'] = 'RGB'
pset.attrs['PAL_TYPE'] = 'STANDARD8'

# Close the file
f.close()

Запустите пример, а затем посмотрите изображение в HDFView:

Изображение в файле HDF5

Обратите внимание, что вы должны открыть данные изображения с помощью «Открыть как», чтобы увидеть его как изображение, поскольку по умолчанию используется табличный вид.

person Timothy Brown    schedule 19.04.2015
comment
Именно это. Понятия не имею, как я пропустил это раньше, когда просматривал документы. Большое тебе спасибо! - person pyguy; 21.04.2015
comment
@MojoJojo Я не использую Matlab, однако есть ответ на веб-сайт ответов Matlab. Надеюсь, это поможет. - person Timothy Brown; 05.04.2016
comment
Спасибо! Это отличный ответ. Для полноты, вот атрибуты, которые я использовал для одноканального изображения в градациях серого: { 'CLASS': 'IMAGE', 'IMAGE_VERSION': '1.2', 'IMAGE_SUBCLASS': 'IMAGE_GRAYSCALE', 'IMAGE_MINMAXRANGE': np.array([0, 255], dtype=np.uint8), 'IMAGE_WHITE_IS_ZERO': 0, } - person Phil; 12.10.2017
comment
Размещенные ссылки устарели. Их следует обновить до support.hdfgroup.org/HDF5/Tutor/h5image.html и support.hdfgroup.org/HDF5/doc/ADGuide/ImageSpec.html - person smillerc; 14.08.2019