Результаты lmerTest отображаются в консоли, но не отображаются в связанном PDF-файле.

У меня есть вопрос относительно lmerTest для аппроксимации степеней свободы и значений p для линейной смешанной модели.

Я только что прошел курс статистики по R, чтобы помочь мне с моими поведенческими экспериментами в лаборатории, поэтому я очень новичок в этом. При использовании R Studio я могу запустить anova() после монтирования библиотеки lmerTest и увидеть результаты в своей консоли, как показано ниже:

lmsocial <- lmer(social~ grps + stim + grps*stim + (1|cohort) +(1|subj))
library(lmerTest)
anova(lmsocial)

Analysis of Variance Table of type 3  with  Satterthwaite 
approximation for degrees of freedom
      Sum Sq Mean Sq NumDF DenDF F.value   Pr(>F)   
grps       22471   22471     1    21  5.5922 0.027747 * 
stim       54289   54289     1    22 13.5107 0.001326 **
grps:stim  40423   40423     1    22 10.0599 0.004416 **
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Однако ниже приведен текст, который я получаю в своем PDF-файле, когда я вяжу в R Studio (то же самое для вязания в HTML). Ошибок при вязании нет, просто отсутствует информация:

lmsocial <- lmer(social~ grps + stim + grps*stim + (1|cohort) +(1|subj))
library(lmerTest)
anova(lmsocial)

## Analysis of Variance Table
##           Df Sum Sq Mean Sq F value
## grps       1  22471   22471  5.5922
## stim       1  54289   54289 13.5107
## grps:stim  1  40423   40423 10.0599

Я что-то упускаю? При попытке создать отчет было бы неплохо отобразить результирующую табличную форму ANOVA lmerTest.

Как заставить его вязать правильно?


rstudio r knitr lmer
person Matt Valdez    schedule 19.03.2015    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
1
arrow_downward

lmerTest делает что-то подлое, я пока не понял что. Между тем, кажется, что это работает, пока вы добавляете явный оператор print():

library("lmerTest")
fm1 <- lmer(Reaction~Days + (Days|Subject),sleepstudy)
print(a1 <- anova(fm1))

(or print(anova(fm1)), or a1 <- anova(fm1); print(a))

person Ben Bolker    schedule 19.03.2015
comment
Привет @BenBolker, я прикрепил пакет, а также попытался явно напечатать. Ни работы. При печати я по-прежнему получаю таблицу lme4 ANOVA по умолчанию без степеней свободы и значений p. Рад видеть, что я не единственный. Я думал, что это была ситуация типа ошибка пользователя. - person Matt Valdez; 21.03.2015

arrow_upward
0
arrow_downward

пакет lmerTest необходимо прикрепить перед спецификацией модели lmer. Следующее должно работать:

library(lmerTest) lmsocial ‹- lmer(social~ grps + stim + grps*stim + (1|cohort) +(1|subj)) anova(lmsocial)

person alku    schedule 19.03.2015
comment
вы проверили, что это действительно работает в вязаном документе?? - person Ben Bolker; 20.03.2015