В R: передать имя столбца в качестве аргумента и использовать его в функции с dplyr::mutate() и lazyeval::interp()

Этот вопрос ссылается на этот SO answer за исключением того, что здесь я хочу использовать переменную, указанную как аргумент функции в mutate_(). Это работает, если я не делаю никаких «расчетов» в mutate_():

data <- 
  data.frame(v1=c(1,2),
             v2=c(3,4))



func1 <- function(df, varname){
    res <-
      df %>%
      mutate_(v3=varname)
    return(res)
  }
func1(data, "v1")

Это дает ожидаемое:

  v1 v2 v3
1  1  3  1
2  2  4  2

Но если я делаю что-то подобное, кажется, что я неправильно указал «v3»:

func2 <- function(df, varname){
  res <-
    df %>%
    mutate_(v3=sum(varname))
  return(res)
}
func2(data, "v1") 

Не работает; почему это не эквивалентно этому вне функции?:

data %>%
  mutate(v3=sum(v1))

Дает:

  v1 v2 v3
1  1  3  3
2  2  4  3

ОБНОВЛЕНИЕ (после решения @docendo discimus): решение об использовании lazyeval::interp() работает. Но кажется, что я много печатаю, если у кого-то есть немного более сложная функция. Например. Мне нужна была функция, которая могла бы возвращать счет и pvalue Фишера 2x2 для всех комбинаций NP в фрейме данных подсчетов, c.

require(plyr)
require(dplyr)
require(lazyeval)
set.seed(8)
df <- 
  data.frame(
    N = sample(c("n1","n2","n3","n4"),20, replace=T),
    P = sample(c("p1","p2","p3","p4"),20, replace=T),
    c = round(runif(20,0,10),0)) %>%
  distinct()

Итак, я начал создавать функцию test.df, используя множество строк с group_by и mutate. Без лазиеваля это НЕ работает (по причине), но будет выглядеть примерно так:

test.df <- function(df=NULL, N=NULL, P=NULL, count=NULL, ...){
  require(plyr)
  require(dplyr)


  test <- function(a,b,c,d){
    data <- matrix(c(a,b,c,d),ncol=2)
    c(p = fisher.test(data)$p.value,
      OR = fisher.test(data)$estimate)
  }

  df %>%
    ungroup() %>%
    mutate(n.total = sum(count)) %>% 
    group_by(N) %>%
    mutate(n.N=sum(count)) %>%
    group_by(P) %>%
    mutate(n.P = sum(count)) %>%
    rowwise() %>%
    mutate(score(count/n.N)/(n.P/n.total), #simple enrichment score
           p=test(count,n.N-count,n.P-count,n.total-n.N-n.P+2*count)[[1]], #p values
           OR=test(count,n.N-count,n.P-count,n.total-n.N-n.P+2*count)[[2]]) #Odds ratio
    ungroup() %>%
    mutate(p_adj=p.adjust(p, method="BH"))

} 

Тогда я обратился к лазывальному способу, и он работает!:

test.df <- function(df=NULL, N=NULL, P=NULL, count=NULL, ...){
  require(plyr)
  require(dplyr)
  require(lazyeval)

  test <- function(a,b,c,d){
    data <- matrix(c(a,b,c,d),ncol=2)
    c(p = fisher.test(data)$p.value,
      OR = fisher.test(data)$estimate)
  }

  df %>%
    ungroup() %>%
    mutate_(n.total = interp(~sum(count), count=as.name(count))) %>% 
    group_by_(interp(~N, N=as.name(N))) %>%
    mutate_(n.N = interp(~sum(count), count=as.name(count))) %>%
    group_by_(interp(~P, P=as.name(P))) %>%
    mutate_(n.P = interp(~sum(count), count=as.name(count))) %>%
    rowwise() %>%
    mutate_(score=interp(~(count/n.N)/(n.P/n.total), 
                       .values=list(count=as.name(count),
                                    n.N=quote(n.N),
                                    n.P=quote(n.P),
                                    n.total=quote(n.total))),
            p=interp(~(test(count,n.N-count,n.P-count,n.total-n.N-n.P+2*count)[[1]]),
                     .values=list(fisher=quote(fisher),
                                  count=as.name(count),
                                  n.N=quote(n.N),
                                  n.P=quote(n.P),
                                  n.total=quote(n.total))),
            OR=interp(~(test(count,n.N-count,n.P-count,n.total-n.N-n.P+2*count)[[2]]),
                      .values=list(fisher=quote(fisher),
                                   count=as.name(count),
                                   n.N=quote(n.N),
                                   n.P=quote(n.P),
                                   n.total=quote(n.total)))) %>% 
    ungroup() %>%
    mutate_(p_adj=interp(~p.adjust(p, method="BH"),
                         .values=list(p.adjust=quote(p.adjust),
                                      p=quote(p))))

} 

Дает:

    N  P  c n.total n.N n.P     score            p         OR       p_adj
1  n2 p1  9      89  23  27 1.2898551 1.856249e-01  2.0197105 0.309374904
2  n1 p2  3      89  21  16 0.7946429 1.000000e+00  0.7458441 1.000000000
3  n4 p3  5      89  20  30 0.7416667 5.917559e-01  0.6561651 0.724442095
4  n3 p1  9      89  25  27 1.1866667 3.053538e-01  1.7087545 0.469775140
5  n2 p3  3      89  23  30 0.3869565 2.237379e-02  0.2365142 0.074579284
6  n3 p4  3      89  25  16 0.6675000 5.428536e-01  0.5696359 0.723804744
7  n2 p1  5      89  23  27 0.7165862 4.412042e-01  0.6216888 0.630291707
8  n4 p3  2      89  20  30 0.2966667 1.503170e-02  0.1733288 0.060126805
9  n4 p3 10      89  20  30 1.4833333 5.406588e-02  2.9136831 0.108131750
10 n3 p4  1      89  25  16 0.2225000 3.524192e-02  0.1410289 0.091433058
11 n2 p1  1      89  23  27 0.1433172 1.312078e-03  0.0731707 0.008747184
12 n1 p3  1      89  21  30 0.1412698 1.168232e-03  0.0704372 0.008747184
13 n2 p4  1      89  23  16 0.2418478 6.108872e-02  0.1598541 0.111070394
14 n3 p1  3      89  25  27 0.3955556 3.793658e-02  0.2475844 0.091433058
15 n1 p2 10      89  21  16 2.6488095 8.710747e-05 10.5125558 0.001742149
16 n4 p2  3      89  20  16 0.8343750 1.000000e+00  0.8027796 1.000000000
17 n1 p4  7      89  21  16 1.8541667 4.114488e-02  3.6049777 0.091433058
18 n2 p4  4      89  23  16 0.9673913 1.000000e+00  1.0173534 1.000000000
19 n2 p2  0      89  23  16 0.0000000 9.115366e-03  0.0000000 0.045576831
20 n3 p3  9      89  25  30 1.0680000 6.157758e-01  1.3880504 0.724442095

Я неправильно использую лазиеваль или, может быть, глупо строю функцию? Некоторый вклад действительно ценится здесь.


person user3375672    schedule 10.03.2015    source источник


Ответы (2)


Вы должны использовать ленивую оценку (с пакетом lazyeval), например, так:

library(lazyeval)
func2 <- function(df, varname){
     df %>%
       mutate_(v3=interp(~sum(x), x = as.name(varname)))
}
func2(data, "v1")
#  v1 v2 v3
#1  1  3  3
#2  2  4  3
person talat    schedule 10.03.2015
comment
Почему это необходимо? В любом случае, мне придется проверить этот ленивый eval, чтобы понять это поведение. - person user3375672; 10.03.2015
comment
Немного почитал о лазиевале и, кажется, понимаю необходимость в более гибких инструментах для управления оценками R в разных средах. В моем случае нужно сделать много group_by, mutate_ и filter_, и появляется много ввода, чтобы указать, как интерпретировать переменные, выражения и т. д. Можете ли вы указать интерпретацию в начале функции один раз? - person user3375672; 11.03.2015

В версии devel dplyr (0.5.0) или в новой версии (0.6.0 — ожидается выпуск в апреле 2017 г.) это можно сделать, используя немного другой синтаксис.

library(dplyr)
funcN <- function(dat, varname){
 expr <- enquo(varname)
 dat %>%
     mutate(v3 = sum(!!expr))
     #or
     #mutate(v3 = sum(UQ(expr)))

} 

funcN(data, v1)
#  v1 v2 v3
#1  1  3  3
#2  2  4  3

Здесь enquo принимает аргументы и возвращает значение в виде quosure (аналогично substitute в base R), лениво оценивая аргументы функции, и внутри summarise мы запрашиваем у него unquote (!! или UQ), чтобы он был оценен.

person akrun    schedule 14.04.2017