R, biocLite, ошибка при установке DESeq2

Я уже пару дней пытаюсь установить DESeq2 для анализа. R и biocLite обновлены, и я сталкиваюсь с ошибками прав доступа, когда пытаюсь запустить

biocLite("DESeq2")

Я получаю в основном хорошие сообщения, но в конце я получаю:

1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘annotate’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘genefilter’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘geneplotter’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘DESeq2’ had non-zero exit status
>

Я пробовал редактировать разрешения, запускать R через sudo и добавлять своего пользователя в группу персонала.

Я в недоумении, что еще я могу сделать, чтобы установить это?

Спасибо


r bioinformatics bioconductor
person user2241427    schedule 25.02.2015    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Судя по журналу, проблема возникла из-за пакета XML. Пакет XML не скомпилируется, если библиотека libxml2 недоступна. Чтобы установить его в Linux:

sudo apt-get install libxml2 
sudo apt-get install libxml2-dev

Затем перезапустите установку.

person ahmohamed    schedule 25.02.2015
comment
Это правильное название библиотеки? $ sudo apt-get install libxm12 Чтение списков пакетов... Готово Построение дерева зависимостей Чтение информации о состоянии... Готово E: Не удалось найти пакет libxm12 - person user2241427; 25.02.2015
comment
libxml2, это L, а не 1. Вы можете просто скопировать и вставить из ответа - person ahmohamed; 25.02.2015
comment
Это имеет большое значение для установки «XML». Спасибо за вашу помощь, @ahmohamed, я в порядке. - person user2241427; 25.02.2015