Воспроизведение stats :: biplot с помощью ggplot2 :: autoplot из пакета ggfortify R

Я пытаюсь воспроизвести следующий stats::biplot сюжет с ggplot2::autoplot из пакета ggfortify R.

biplot(prcomp(USArrests, scale = TRUE))

введите описание изображения здесь

Вот мой ggplot2::autoplot код из ggfortify R пакета с его выводом.

devtools::install_github("sinhrks/ggfortify")
 library(ggfortify)
ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), label = TRUE, loadings.label = TRUE)

введите описание изображения здесь

Вопросы

  1. Почему два сюжета разные? Как воспроизвести базовый сюжет?
  2. Как добавить метки, как показано на базовом графике?

r plot ggplot2 ggfortify
person MYaseen208    schedule 08.02.2015    source источник
comment
Пожалуйста, предоставьте некоторые данные, чтобы мы могли решить эту проблему.   -  person lawyeR    schedule 08.02.2015
comment
@lawyeR: USArrests поставляется с R.   -  person MYaseen208    schedule 08.02.2015
comment
Извини, я должен был это знать. Может быть, отредактируйте свой вопрос, чтобы это знали и другие. :)   -  person lawyeR    schedule 08.02.2015
comment
Только что опубликовал, как мне кажется, более точный ответ   -  person Tom Wenseleers    schedule 15.08.2015

Ответы (3)


arrow_upward
2
arrow_downward

Спасибо за использование пакета. Проблема зависит от версии {dplyr} и исправлена ​​в {ggfortify}. Не могли бы вы обновить пакет, а затем попробовать?

Я прикрепил результат после исправления по ссылке ниже:

https://github.com/sinhrks/ggfortify/pull/21

person sinhrks    schedule 09.02.2015
comment
Отличная работа и спасибо за исправление ошибки. Почему масштабы двух графиков разные? Есть предположения. - person MYaseen208; 09.02.2015

arrow_upward
1
arrow_downward

Чтобы воссоздать этот график в ggplot2, вам просто нужно извлечь нужные данные из объекта prcomp. В этом случае вы наносите на график исходные данные, а также переменные нагрузки вращения, поэтому вам понадобятся два фрейма данных.

Попробуй это:

x <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
z1 <- data.frame(State = rownames(x$x), x$x[, 1:2])
z2 <- data.frame(State = rownames(x$rotation), x$rotation[, 1:2])

library(ggplot2)
ggplot(z1, aes(PC1, PC2, label=State)) + 
  geom_text(size=3) +
  geom_segment(data=z2, aes(PC1, PC2, xend=0, yend=0), col="red") +
  geom_text(data=z2, aes(PC1, PC2, label=State), col="red") +
  theme_bw()

введите описание изображения здесь

person Andrie    schedule 08.02.2015
comment
(+1): Спасибо @Andrie за ответ. sinhrks исправил ошибку в ggfortify. Но все же масштабы двух графиков разные. Есть предположения. - person MYaseen208; 09.02.2015

arrow_upward
0
arrow_downward

Автоплот имитирует поведение / масштабирование, которое вы получаете с biplot.prcomp опцией pc.biplot = TRUE:

devtools::install_github("sinhrks/ggfortify")
 library(ggfortify)
ggplot2::autoplot(stats::prcomp(USArrests, scale=TRUE), label = TRUE, loadings.label = TRUE)

введите описание изображения здесь

biplot(prcomp(USArrests, scale = TRUE), pc.biplot = TRUE)

введите описание изображения здесь

Затем он создает «двойной график главных компонент» Габриэля (1971), в соответствии с которым наблюдения увеличиваются на sqrt (n), а переменные уменьшаются на sqrt (n). Тогда внутренние произведения между переменными приблизительно равны ковариациям, а расстояния между наблюдениями приблизительно равны расстоянию Махаланобиса. Обычно это именно то, что вам нужно, см. Также подробное раскрытие здесь .

ggord, кстати, тоже отличный пакет для создания биплотов, как и ggbiplot.

PS: ответ, помеченный выше как правильный, я считаю не совсем правильным.

person Tom Wenseleers    schedule 10.08.2015