Отображение дискретных символьных данных о филогении с помощью R

Кто-нибудь знает, как я могу отображать символьные данные на подсказках по филогенезу, представленные в виде геометрических фигур разного цвета?
Я ищу что-то вроде этого:
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0086231#pone-0086231-g003.

Я пробовал несколько пакетов R, но не нашел простого способа сделать это.
Есть идеи?
Спасибо!


r plot bioinformatics phylogeny
person soungalo    schedule 24.11.2014    source источник
comment
если вы не получите здесь ответа, возможно, кто-то из списка рассылки [email protected] сможет вам помочь.   -  person Ben Bolker    schedule 24.11.2014

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

После дополнительных усилий мне это удалось. На самом деле это не так сложно, но точные детали зависят от ваших данных.
В основном, я использовал пакет ape с этим в качестве шаблона:

data(bird.orders)
plot(bird.orders, "c", FALSE, font = 1, label.offset = 3,
     x.lim = 31, no.margin = TRUE)
tiplabels(pch = 23, bg = gray(1:23/23), cex = 2, adj = 1.4)
tiplabels(pch = 22, col = c("yellow", "red", "blue"), adj = 2.5, cex = 2)

bg может принимать вектор цветов, соответствующий вашим данным черт, например c (1,1,0,0,0,1, ...). У меня отлично сработало.

person soungalo    schedule 25.11.2014