Поддерживает ли FHIR самоопределяемый ресурс?

Сначала см. расширяемость — http://hl7.org/implement/standards/fhir/extensibility.html — вы можете добавить дополнительный контент, и, похоже, это то, что вам нужно.

Официальной поддержки добавления дополнительных новых типов ресурсов нет — это запланировано, но еще не сделано.

Существует возможность использовать ресурс Other для целей определения пользовательских ресурсов — почти все элементы являются расширениями, и вы используете код, чтобы определить, какой это «тип» ресурса. Любой может определить локальный код для пользовательского ресурса.