Только со вчерашнего дня мы видели, как это происходит (может быть, это связано со вчерашним обновлением OS X Java?). Только для определенных папок параметры отключены. Некоторые проекты не затрагиваются, другие позволяют нам загружать из корневого каталога, а затем выбирать файл, но в других проектах вообще нет возможности FTP.
Это произошло одновременно на 2 MacBook с OSX Yosemite, как с последней версией Netbeans, так и с недавно обновленной до Java 1.7.0_71.
Такого еще не было, может у кого-то есть подобные проблемы?