Обходной путь для JavaFX Webview, не поддерживающего javascript window.FileReader

Он поддерживает FileReader. Проблема в том, что webengine/webview не отображает окна предупреждений, окна подтверждения или всплывающие окна без какой-либо работы с вашей стороны, так что на самом деле это то, что терпит неудачу. Если вам нужны окна предупреждений, вам нужно создать диалоговое окно самостоятельно:

    webEngine.setOnAlert
    (
        new EventHandler<WebEvent<String>>()
        {
            @Override
            public void handle(WebEvent<String> arg0) 
            {
                Alert alert = new Alert(AlertType.INFORMATION);
                alert.setHeaderText("Alert");
                alert.setContentText(arg0.getData());
                alert.showAndWait();
            }
        }
    );