Использование векторов в MPI (C++)

Определение структур в MPI — это боль. Я думаю, что более простым подходом было бы использование того факта, что векторы STL гарантированно имеют непрерывно выделенную память. То есть вы можете обращаться с ними как с массивами C, получая указатель на первый элемент.

std::vector<float> data;
// ... add elements to your vector ...
MPI_Send(&data.front(), data.size(), MPI_FLOAT, 0, 1, MPI_COMM_WORLD);

Я описываю свое решение аналогичной проблемы здесь:

Сообщения, передающие графы произвольных объектов?

Помните, что вы можете создавать пользовательские типы данных MPI из ранее определенных пользовательских типов данных MPI. Например, вы можете определить Struct, который описывает макет и содержимое одного экземпляра Structure, а затем вектор из этих типов данных Struct для всего вектора объектов. Черт возьми, если у вас есть несколько таких векторов, вы можете создать третий уровень абстракции, создав тип данных HIndexed из векторов структур, а затем отправить их все одним сообщением.

В сообщении, на которое я ссылался выше, вы найдете ссылки на описания различных пользовательских типов данных MPI, которые должны помочь вам выбрать правильный подход.

Я делаю то же, что и вы, и знаю, что архитектура моего процессора однородна. Я избегаю большого количества подстановок байтов и большого количества упаковки и распаковки MPI, используя Увеличить сериализацию.

Отправка:

  ostringstream oss;
  {
    binary_oarchive oa(oss);
    oa << BOOST_SERIALIZATION_NVP(myStruct);
  }

  MPI::COMM_WORLD.Send(oss.str().c_str(),
                       oss.str().size(),
                       MPI::Datatype(MPI_BYTE),
                       MpiLibWrapper::DEST_PROC_RANK,
                       MpiLibWrapper::MY_STRUCT_TAG);

Получение:

    vector<char> incomingBuffer(MAX_BUFFER_SIZE);

    MPI::COMM_WORLD.Recv(&incomingBuffer[0], incomingBuffer.size(),
                         MPI::Datatype(MPI_BYTE),
                         MpiLibWrapper::SRC_PROC_RANK,
                         MpiLibWrapper::MY_STRUCT_TAG,
                         msgStatus);
    if (MpiLibWrapper::ErrorOccurred(msgStatus.Get_error(),
                                     info.logging)) {
      break;
    }
    incomingBuffer.resize(msgStatus.Get_count(MPI::Datatype(MPI_BYTE)));

    if (incomingBuffer.size() > 0) {
      // Shockingly, this does not result in a memory allocation.
      istringstream iss(string(&incomingBuffer[0], incomingBuffer.size()));

      binary_iarchive ia(iss);

      ia >> BOOST_SERIALIZATION_NVP(myStruct);
    }

Хм... Отправка структуры C/C++ в виде потока данных работает только тогда, когда вы гарантируете, что расположение данных на всех участвующих машинах точно такое же. В общем, так не получится. Кроме того, есть люди, которые утверждают, что отправка структуры, упакованной как тип данных, производный от MPI, +1 для ясности кода и демонстрации намерения.

Я, конечно, не специалист по структурам данных MPI, но не думаю, что это можно сделать. Причина в том, что в основном у вас есть структура с указателями на отправляемые данные. Все функции типов данных MPI предполагают, что данные, которые вы хотите послать, находятся в непрерывной области памяти. Если векторы имеют фиксированный максимальный размер, и вы можете сделать

double radius;
double volume;
int mass_size;
int area_size;
double mass[MASS_MAXLEN];
double area[AREA_MAXLEN];

а затем отправлять только те элементы, которые заполнены.

В качестве альтернативы вы можете сами упаковать данные в один массив перед отправкой и отправить массив. Вам нужно будет выполнить некоторое профилирование, чтобы увидеть, было ли это быстрее, чем отдельные отправки.