Проблемы с использованием pheatmap

Я пытаюсь поиграться с pheatmap и застреваю в самом начале.

Создание примера игрушки:

library(pheatmap)
set.seed(1)
my.mat <- matrix(rnorm(90), nrow = 30, ncol = 30)
rownames(my.mat) <- 1:30
colnames(my.mat) <- 1:30
col.scale = colorRampPalette(c("red", "blue"), space = "rgb")(10)
breaks.size = 11
pheatmap(my.mat, color = col.scale, breaks = breaks.size, border_color = NA, cellwidth = 10, cellheight = 10)

Выдает это сообщение об ошибке:

Error in unit(y, default.units) : 'x' and 'units' must have length > 0

И сюжет, который он производит, не кажется правильным:

Например, я не могу понять, почему верхние правые ячейки белые. Я также думал, что настройка cellwidth = 10 и cellheight = 10 означает получение квадратных ячеек, а не прямоугольных. И, наконец, если кто-нибудь знает, возможно ли, чтобы имена строк и столбцов появлялись на той же стороне тепловой карты, что и дендограммы (то есть на концах дендограммы), это будет здорово. введите описание изображения здесь


r heatmap pheatmap
person user1701545    schedule 18.07.2014    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Что ж, причина, по которой вы получаете эту ошибку, заключается в том, что вы неправильно используете параметр breaks=. Со страницы справки ?pheatmap

разрывы: последовательность чисел, которая охватывает диапазон значений в мате и на один элемент длиннее цветового вектора. Используется для сопоставления значений с цветами. Полезно, если необходимо сопоставить определенные значения определенным цветам и определенным значениям. Если значение NA, то перерывы рассчитываются автоматически.

Вы не можете просто передать одно значение, как в случае с другими функциями.

Также я не уверен, что вы говорите о том, что ячейки не квадратные. Вы рисуете квадрат 30x30 (по крайней мере, для меня). Поскольку вы группируете, вы получаете только один цвет на кластер.

Я предполагаю, что часть проблемы может заключаться в том, что вы генерируете только 90 случайных переменных для матрицы из 900 ячеек, поэтому эти значения повторяются (ваши данные очень структурированы). Возможно, вы имели в виду

my.mat <- matrix(rnorm(900), nrow = 30, ncol = 30)

это дает вам следующий сюжет

введите описание изображения здесь

person MrFlick    schedule 18.07.2014