У меня проблема с загрузкой пакета BioConductor "GO.db". Не получается с ошибкой:
Ошибка: .onLoad не удалось в loadNamespace () для 'GO.db', подробности:
call: sqliteNewConnection (drv, ...) ошибка: драйвер RS-DBI: (не удалось подключиться к dbname: невозможно открыть файл базы данных ) Ошибка: не удалось загрузить пакет или пространство имен для GO.db.
Я работаю в Windows 8, использую R 3.1.0 и Bioconductor 2.14 (последние версии).
Пожалуйста помоги.
Полные данные:
R версия 3.1.0 (2014-04-10) - "Spring Dance" Copyright (C) 2014 Фонд R для платформы статистических вычислений: x86_64-w64-mingw32 / x64 (64-разрядная версия)
R - это бесплатное программное обеспечение, на которое НЕ ДАЕТ АБСОЛЮТНО НИКАКИХ ГАРАНТИЙ. Вы можете распространять ее при определенных условиях. Для получения подробной информации о распространении введите «license ()» или «license ()».
R - это совместный проект со многими участниками. Для получения дополнительной информации введите «участники ()» и «цитирование ()» о том, как цитировать пакеты R или R в публикациях.
Введите «demo ()» для некоторых демонстраций, «help ()» для интерактивной справки или «help.start ()» для справки через интерфейс браузера HTML. Введите 'q ()', чтобы выйти из R.
[Восстановлено ранее сохраненное рабочее пространство]
источник ("http://bioconductor.org/biocLite.R") Bioconductor версии 2.14 (BiocInstaller 1.14. 2),? BiocLite для справки biocLite ("GO.db") BioC_mirror: http://bioconductor.org Использование версии Bioconductor 2.14 (BiocInstaller 1.14.2), R версии 3.1.0. Установка пакетов 'GO.db' пытается URL 'http://bioconductor.org/packages/2.14/data/annotation/bin/windows/contrib/3.1/GO.db_2.14.0.zip Длина приложения / zip "типа содержимого" 27089981 байт (25,8 Мб) загружен открытый URL 25,8 Мб
Загруженные двоичные пакеты находятся в C: \ Users \ קובי \ AppData \ Local \ Temp \ RtmpCGiNBg \ loaded_packages
библиотека ("GO.db") Загрузка необходимого пакета: AnnotationDbi Загрузка необходимого пакета: BiocGenerics Загрузка необходимого пакета: параллельно
Прикрепленный пакет: «BiocGenerics»
Следующие объекты замаскированы из package: parallel:
clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
Следующий объект замаскирован из package: stats:
xtabs
Следующие объекты замаскированы из «package: base»:
anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames, do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect, is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unlist
Загрузка необходимого пакета: Biobase Добро пожаловать в Bioconductor
Vignettes contain introductory material; view with 'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see 'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.
Загрузка необходимого пакета: GenomeInfoDb Загрузка необходимого пакета: Ошибка DBI: .onLoad не удалось в loadNamespace () для 'GO.db', подробности:
call: sqliteNewConnection (drv, ...) ошибка: Драйвер RS-DBI: (мог не подключиться к dbname: невозможно открыть файл базы данных) Ошибка: не удалось загрузить пакет или пространство имен для 'GO.db'
BiocInstaller::biocValid()
какие-либо устаревшие или слишком свежие пакеты? - person Martin Morgan   schedule 02.06.2014