Ошибка загрузки библиотеки BioConductor GO.db

У меня проблема с загрузкой пакета BioConductor "GO.db". Не получается с ошибкой:

Ошибка: .onLoad не удалось в loadNamespace () для 'GO.db', подробности:
call: sqliteNewConnection (drv, ...) ошибка: драйвер RS-DBI: (не удалось подключиться к dbname: невозможно открыть файл базы данных ) Ошибка: не удалось загрузить пакет или пространство имен для GO.db.

Я работаю в Windows 8, использую R 3.1.0 и Bioconductor 2.14 (последние версии).

Пожалуйста помоги.


Полные данные:

R версия 3.1.0 (2014-04-10) - "Spring Dance" Copyright (C) 2014 Фонд R для платформы статистических вычислений: x86_64-w64-mingw32 / x64 (64-разрядная версия)

R - это бесплатное программное обеспечение, на которое НЕ ДАЕТ АБСОЛЮТНО НИКАКИХ ГАРАНТИЙ. Вы можете распространять ее при определенных условиях. Для получения подробной информации о распространении введите «license ()» или «license ()».

R - это совместный проект со многими участниками. Для получения дополнительной информации введите «участники ()» и «цитирование ()» о том, как цитировать пакеты R или R в публикациях.

Введите «demo ()» для некоторых демонстраций, «help ()» для интерактивной справки или «help.start ()» для справки через интерфейс браузера HTML. Введите 'q ()', чтобы выйти из R.

[Восстановлено ранее сохраненное рабочее пространство]

источник ("http://bioconductor.org/biocLite.R") Bioconductor версии 2.14 (BiocInstaller 1.14. 2),? BiocLite для справки biocLite ("GO.db") BioC_mirror: http://bioconductor.org Использование версии Bioconductor 2.14 (BiocInstaller 1.14.2), R версии 3.1.0. Установка пакетов 'GO.db' пытается URL 'http://bioconductor.org/packages/2.14/data/annotation/bin/windows/contrib/3.1/GO.db_2.14.0.zip Длина приложения / zip "типа содержимого" 27089981 байт (25,8 Мб) загружен открытый URL 25,8 Мб

Загруженные двоичные пакеты находятся в C: \ Users \ קובי \ AppData \ Local \ Temp \ RtmpCGiNBg \ loaded_packages

библиотека ("GO.db") Загрузка необходимого пакета: AnnotationDbi Загрузка необходимого пакета: BiocGenerics Загрузка необходимого пакета: параллельно

Прикрепленный пакет: «BiocGenerics»

Следующие объекты замаскированы из package: parallel:

clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB

Следующий объект замаскирован из package: stats:

xtabs

Следующие объекты замаскированы из «package: base»:

anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames,
do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, intersect,
is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget, order, paste, pmax,
pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce, rep.int,
rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
unlist

Загрузка необходимого пакета: Biobase Добро пожаловать в Bioconductor

Vignettes contain introductory material; view with
'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.

Загрузка необходимого пакета: GenomeInfoDb Загрузка необходимого пакета: Ошибка DBI: .onLoad не удалось в loadNamespace () для 'GO.db', подробности:
call: sqliteNewConnection (drv, ...) ошибка: Драйвер RS-DBI: (мог не подключиться к dbname: невозможно открыть файл базы данных) Ошибка: не удалось загрузить пакет или пространство имен для 'GO.db'


person user565837    schedule 02.06.2014    source источник
comment
предлагает ли команда BiocInstaller::biocValid() какие-либо устаревшие или слишком свежие пакеты?   -  person Martin Morgan    schedule 02.06.2014
comment
См. Также stackoverflow.com/q/39137110/134830   -  person Richie Cotton    schedule 27.08.2016


Ответы (1)


Я была такая же проблема. Попробуйте переустановить R в другой каталог (другой диск). Мне это помогло.

person user3682457    schedule 21.07.2014