Каков типичный размер файлов последовательностей при проведении попарного выравнивания последовательностей?

Существует два типа парного выравнивания последовательностей: локальное и глобальное.

Локальное попарное выравнивание пытается найти только похожие части двух последовательностей. Не существует типичного размера последовательности, так как существует огромное разнообразие. Для человека это 10-15 кб (10000-15000 пар оснований), согласно этому: http://bionumbers.hms.harvard.edu/bionumber.aspx?&id=104316&ver=1 .

В случае глобального выравнивания мы пытаемся выровнять все остатки двух последовательностей. Используя методы глобального выравнивания, мы можем выровнять весь геном организмов, но это имеет некоторое значение только в случае близкородственных организмов, геном которых не сильно расходился. Пример того, как это можно сделать, см. здесь: http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Whole_genome_alignment_howto

Кроме того, здесь описываются множественные выравнивания всего генома, которые могут быть более полезными: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3157923/