Ошибка в Mathematica: регулярное выражение применялось к очень длинной строке

Mathematica использует синтаксис PCRE, поэтому у него есть модификатор /s aka DOTALL aka Singleline, вы просто добавляете модификатор (?s) перед той частью выражения, в которой вы хотите его применить.

См. документацию по RegularExpression здесь: (разверните раздел "Дополнительная информация")
http://reference.wolfram.com/mathematica/ref/RegularExpression.html

Следующие параметры набора для всех элементов регулярного выражения, которые следуют за ними:
(?i) рассматривать прописные и строчные буквы как эквивалентные (игнорировать регистр)
(?m) заставить ^ и $ совпадать с началом и концом строк (многострочный режим)
(?s) разрешить . для соответствия новой строке
(?-c) неустановленные параметры

Этот измененный ввод не приводит к сбою Mathematica 7.0.1 для меня (в отличие от исходного), используя строку длиной 15 000 символов, выдавая тот же результат, что и ваше выражение:

s = StringReplace[s,RegularExpression@".*MAGIC_STRING(?s).*"->""]

Это также должно быть немного быстрее по причинам, которые объяснил @AlanMoore.

Лучший способ оптимизировать регулярное выражение зависит от внутреннего устройства механизма регулярных выражений Mathematica, но я бы определенно избавился от (.|\\n)*, как упоминал @Simon. Это не просто чередование — хотя почти всегда бывает ошибкой иметь чередование, в котором каждая альтернатива соответствует ровно одному символу; вот для чего нужны классы персонажей. Но вы также захватываете каждый символ, когда вы его сопоставляете (из-за круглых скобок), только для того, чтобы отбросить его, когда вы сопоставляете следующий символ.

Быстрый просмотр документации по регулярным выражениям Mathematica не обнаруживает ничего похожего на модификатор /s (Singleline или DOTALL), поэтому я рекомендую старый резервный JavaScript, [\\s\\S]* -- соответствует всему, что является пробелом, или чему-либо, что не является пробелом. Кроме того, может помочь добавить якорь $ в конец регулярного выражения:

"(^|\\n)[^\\n]*MAGIC_STRING[\\s\\S]*$"

Но лучшим вариантом, вероятно, будет вообще не использовать регулярные выражения. Я не вижу здесь ничего, что требовало бы их, и, вероятно, было бы намного проще и эффективнее использовать обычные функции Mathematica для работы со строками.

Mathematica — отличная исполнительская игрушка, но я бы посоветовал не пытаться делать с ней что-то серьезное, например, регулярные выражения для длинных строк или любые вычисления для значительных объемов данных (или там, где важна правильность). Используйте что-то проверенное. Visual F# 2010 требуется 5 миллисекунд и одна строка кода, чтобы получить правильный ответ без сбоев:

> let str =
    "This is the first line.\nMAGIC_STRING\nEverything after this line should get removed." +
      String.replicate 2000 "0123456789";;
val str : string =
  "This is the first line.
MAGIC_STRING
Everything after this li"+[20022 chars]

> open System.Text.RegularExpressions;;
> #time;;
--> Timing now on

> (Regex "(^|\\n)[^\\n]*MAGIC_STRING(.|\\n)*").Replace(str, "");;
Real: 00:00:00.005, CPU: 00:00:00.015, GC gen0: 0, gen1: 0, gen2: 0
val it : string = "This is the first line."