сеанс не работает в загружаемом плагине jquery

Flash не пересылает файлы cookie из браузера, поэтому $_SESSION не будет работать правильно. (Код, скорее всего, не работает, когда вы require_once файл сеанса.)

Подводя итог концепции:

1. Передайте session_id как переменную POST с Uploadify, используя scriptData
2. Вручную вызвать session_id($_POST['session_id']) перед вызовом session_start();

это тоже будет работать..

         'scriptData': {'ts' : <?= time() ?>}