запуск скрипта fiji jython из командной строки

Я использую Фиджи для целей медицинской визуализации. Я написал сценарий jython и хотел бы запустить его из командной строки в Windows 7. Я пробовал разные способы запуска сценария, но не смог этого сделать. Кто-нибудь, пожалуйста, помогите в достижении желаемая цель.


imagej jython-2.5
person user3277971    schedule 08.02.2014    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

Существует два способа запуска скриптов с Фиджи.

Плохой путь

Откройте консоль и измените рабочий каталог на папку Fiji. Эта папка должна содержать двоичный файл ImageJ (например, ImageJ-win64.exe), jar-файлы, плагины и т. д. Запустите что-то вроде

cd c:\Fiji.app

Запустите ImageJ. ImageJ-win64.exe — просто бинарное имя в моем дистрибутиве. Это может варьироваться.

ImageJ-win64.exe --headless --jython my_script.py

Вы также можете прочитать справку по Фиджи там, просто запустите ImageJ-win64.exe --help

Надлежащим образом

Добавьте папку Fiji (c:\Fiji.app) в переменная PATH и запускать скрипты из любого каталога.

person radioxoma    schedule 24.05.2014
comment
Я запускаю скрипт, который использует импорт, такой как ij и loci (биоформаты), работает ли правильный способ? Находит ли компилятор файлы jar в приложении Fiji? Я спрашиваю, потому что на самом деле я могу запускать свои скрипты в jython из любого места, но эти файлы jar тогда не найдены, так как они, вероятно, где-то в Fiji.app. - person Lisa B.; 06.05.2021

arrow_upward
1
arrow_downward

См. раздел Запуск скриптов в автономном режиме на вики Фиджи.

Если у вас все еще есть проблемы, предоставьте дополнительную информацию о том, что вы пробовали и что пошло не так; подробности см. в разделе Как задать хороший вопрос?.

person ctrueden    schedule 09.02.2014