получить свойства остатка из файла pdb

У меня есть файл pdb, и я хочу проанализировать pdb с помощью python, и я хочу найти следующее для остатков в pdb:

1. hydrophobicity
2. interface topology
3. solvent accessible surface area

Я пытался использовать pybel

file_name = "4hhb.pdb"
allmols = [mol for mol in pybel.readfile("pdb", file_name)]
for mol in allmols:
    dir(mols)

но я могу видеть только несколько свойств.

'addh', 'atoms', 'calcdesc', 'calcfp', 'charge', 'conformers', 'data', 'dim', 'draw', 'energy', 'exactmass', 'formula', 'localopt', 'make3D', 'molwt', 'removeh', 'spin', 'sssr', 'title', 'unitcell', 'write

Как я могу найти эти 3 свойства из pdb? Я могу использовать любой модуль, доступный в Python, для получения этих свойств.


python biopython chemistry pybel
person sam    schedule 17.01.2014    source источник
comment
Пример файла pdb может помочь.   -  person senshin    schedule 17.01.2014
comment
@senshin: любой файл pdb с rcsb.org/pdb/home/home.do подойдет, например: rcsb.org/pdb /скачать/   -  person sam    schedule 17.01.2014

Ответы (2)


arrow_upward
3
arrow_downward

Гидрофобность (для каждого АА) может быть обнаружена в:

Bio.SeqUtils.ProtParamData.kd

kd = {'A': 1.8, 'R':-4.5, 'N':-3.5, 'D':-3.5, 'C': 2.5, 
      'Q':-3.5, 'E':-3.5, 'G':-0.4, 'H':-3.2, 'I': 4.5, 
      'L': 3.8, 'K':-3.9, 'M': 1.9, 'F': 2.8, 'P':-1.6, 
      'S':-0.8, 'T':-0.7, 'W':-0.9, 'Y':-1.3, 'V': 4.2 }

Я думаю, вам нужно добавить все значения аминокислот и получить общую гидрофобность.

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParamData-pysrc.html

Вы можете использовать GROMAC (http://manual.gromacs.org/programs/gmx-sasa.html), чтобы получить два других параметра. Просмотр исходного кода C (https://github.com/gromacs/gromacs/blob/master/src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.cpp), эти параметры далеки от очевидных вычислений.

Я бы обернул gmx_sasa subprocess.Popen() и получил результаты.

person xbello    schedule 17.01.2014
comment
но это атомы, мне нужно получить свойства для остатков. - person sam; 17.01.2014
comment
Я понимаю, что остаток = аминокислота (выше kd). Например. аминокислота/остаток аланина (А) имеют гидрофобность 1,8. Я понимаю атом = атом. Например. Углерод, кислород, водород или азот. - person xbello; 17.01.2014

arrow_upward
0
arrow_downward

Как упоминалось в этом 1 ответе, BioPython2 обеспечивает поддержку анализа .pdb файлов

person Mause    schedule 17.01.2014
comment
Я видел их, но они не предоставляют эти 3 свойства - person sam; 17.01.2014
comment
Наверняка они будут расширяемыми? - person Mause; 17.01.2014
comment
Можете ли вы показать какой-либо пример или учебник, чтобы найти тех, кто использует python? - person sam; 17.01.2014