Как избежать a: в библиографической ссылке с помощью pandoc?

По сути, у меня есть файл bibtex, который автоматически создается Zotero 4.0.17, и я использую его для создания библиографии в файле уценки. Используемые инструменты: pandoc-1.12.1 и pandoc-citeproc-0.2.

Это файл уценки с именем notes.md

# State of the art

 - Wikipathways [@pico_wikipathways\:_2008]

# Bibliography

<!-- TODO is this usefull?
bibliography::research.bib -->
<!-- \bibliography{research} So that RefTeX knows about the bibliography -->

Это файл bibtex с именем research.bib

@ARTICLE{pico_wikipathways:_2008,
 author = {Pico, Alexander R and Kelder, Thomas and van Iersel, Martijn P and Hanspers, Kristina and Conklin, Bruce R and Evelo, Chris},
 title = {{WikiPathways:} Pathway Editing for the People},
 journal = {{PLoS} Biol},
 year = {2008},
 volume = {6},
 pages = {e184},
 number = {7},
 month = jul,
 abstract = {{WikiPathways} provides a collaborative platform for creating, updating, and sharing pathway diagrams and serves as an example of content  curation by the biology community.},
 doi = {10.1371/journal.pbio.0060184},
 keywords = {\_tablet},
 shorttitle = {{WikiPathways}},
 url = {http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.0060184},
 urldate = {2013-11-20}
}

И это команда, которую я запускаю

pandoc --bibliography=research.bib notes.md -o notes.md.pdf

Я ожидал, что все будет хорошо, но наличие символа : приводит к успешной генерации PDF-файла со следующей ошибкой

pandoc-citeproc: reference pico_wikipathways not found

В PDF-файле будет неправильная библиография.

Есть идеи, как избежать : в notes.md, чтобы библиографическая ссылка была распознана?


person Alexandre Martins    schedule 07.01.2014    source источник
comment
К вашему сведению. У меня есть интересные предложения по обходным путям на forum.zotero.org/discussion/34228/   -  person Alexandre Martins    schedule 09.01.2014
comment
К вашему сведению2. Теперь эта проблема исправлена ​​в основной ветке pandoc. Подробнее см. github.com/jgm/pandoc/commit/.   -  person Alexandre Martins    schedule 10.01.2014
comment
К вашему сведению 3. Эта проблема была окончательно исправлена ​​в pandoc 1.12.3.1 .   -  person Alexandre Martins    schedule 16.01.2014


Ответы (2)


Вам придется сменить ключ. Синтаксический анализатор ключа цитирования Pandoc в настоящее время не допускает более одного не буквенно-цифрового символа в строке, поэтому ключ с :_ не работает. Кроме того, не используйте обратную косую черту перед : в ключе цитирования.

person John MacFarlane    schedule 08.01.2014
comment
Как я уже сказал, ключи генерируются автоматически из Zotero. Это означает, что мне нелегко делать то, что вы предлагаете. Я постараюсь посмотреть, есть ли способ изменить правила генерации ключей, но я не совсем уверен, как это сделать. - person Alexandre Martins; 08.01.2014
comment
Наверное, проще изменить pandoc, чтобы разрешить эти ключи. Сообщите о проблеме, если хотите, на странице github.com/jgm/pandoc/issues. - person John MacFarlane; 09.01.2014
comment
Я только что заметил твое имя. Спасибо тебе и за Пандока. - person Alexandre Martins; 09.01.2014

Похоже, эта проблема исправлена ​​в версии 1.12.3. Удалите текущую версию с помощью

sudo rm -f /usr/local/bin/pandoc /usr/local/doc/pandoc-1.9.4.2 /usr/local/share/man/man1/pandoc.1.gz /usr/local/share/man/man5/pandoc_markdown.5.gz /usr/local/share/pandoc-1.9.4.2

затем переустановите pandoc, и все будет в порядке.

person Community    schedule 20.02.2014
comment
Обратите внимание на мои комментарии в самом вопросе. - person Alexandre Martins; 25.03.2014