Раньше все работало нормально, но теперь, после того как я обновил свой Macbook до Mavericks и R до 3.0.2, мне также нужно обновить пакеты languageR и lme4, теперь languageR — 1.4, а lme4 — 1.0.4.
Проблема в том, что я всегда получаю эту ошибку:
> pvals.fnc(mod1)
the input model is not a mer object
NULL
Кто-то предлагает использовать другие способы вычисления значения p (ошибка совместимости с lme4 и languageR: входная модель не является объектом mer”). Но мне нужно не только значение p, мне также нужны другие параметры, которые может вернуть pvals.fnc. Кто-то предлагает понизить версию lme4 до «0.999999.2» (Ошибка LMERConvenienceFunctions в функциях подгонки вперед и назад: модель не является мерным объектом), но, к сожалению, я не могу установить «0.999999.2» на Mavericks. Он показывает следующие ошибки:
installing *source* package ‘lme4’ ...
package ‘lme4’ successfully unpacked and MD5 sums checked
libs Library/Frameworks/R.framework/Resources/share/make/shlib.mk:6: warning: overriding commands for target `lme4.so'
Makevars:7: warning: ignoring old commands for target `lme4.so'
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG - I/usr/local/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Matrix/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/stats/include" -fPIC -mtune=core2 -g -O2 -c init.c -o init.o
/bin/sh: llvm-gcc-4.2: command not found
make: *** [init.o] Error 127
ERROR: compilation failed for package ‘lme4’
removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/lme4’
restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/lme4’
Warning in install.packages :
installation of package ‘/Users/nanli/Downloads/lme4_0.999999-2.tar.gz’ had non-zero exit status
У кого-нибудь есть идеи, как решить эту проблему?
llvm-gcc-4.2
больше не является частью XCode. Лично я не планирую обновляться, пока не увижу больше признаков успеха в списке рассылки R-SIG-MAC. - person IRTFM   schedule 25.10.2013install.packages("lme4.0",repos="http://lme4.r-forge.r-project.org/repos")
- person Ben Bolker   schedule 04.11.2013MCMC sampling is not implemented in recent versions of lme4 for models with random correlation parameters
; последний дает мнеError in UseMethod("ranef") : no applicable method for 'ranef' applied to an object of class "mer"
. Модель, которую я создаю, имеет фиксированный и случайный эффект. Есть предположения? - person proteogenomics   schedule 05.11.2013pvals.fnc
уже давно не мог использоватьmcmcsamp()
для векторного случайного эффекта: вы уверены, что этот конкретный пример работал раньше? Обратите внимание, чтоpamer.fnc
из пакетаLMERConvenienceFunctions
... вы спросили у сопровождающего... ?? - person Ben Bolker   schedule 05.11.2013