Как я могу запустить lme4 с pvals.fnc для вычисления значения p в Mavericks

Раньше все работало нормально, но теперь, после того как я обновил свой Macbook до Mavericks и R до 3.0.2, мне также нужно обновить пакеты languageR и lme4, теперь languageR — 1.4, а lme4 — 1.0.4.

Проблема в том, что я всегда получаю эту ошибку:

  > pvals.fnc(mod1)
  the input model is not a mer object
  NULL

Кто-то предлагает использовать другие способы вычисления значения p (ошибка совместимости с lme4 и languageR: входная модель не является объектом mer”). Но мне нужно не только значение p, мне также нужны другие параметры, которые может вернуть pvals.fnc. Кто-то предлагает понизить версию lme4 до «0.999999.2» (Ошибка LMERConvenienceFunctions в функциях подгонки вперед и назад: модель не является мерным объектом), но, к сожалению, я не могу установить «0.999999.2» на Mavericks. Он показывает следующие ошибки:

installing *source* package ‘lme4’ ...
package ‘lme4’ successfully unpacked and MD5 sums checked
libs Library/Frameworks/R.framework/Resources/share/make/shlib.mk:6: warning: overriding commands for target `lme4.so'
Makevars:7: warning: ignoring old commands for target `lme4.so'
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -     I/usr/local/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Matrix/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/stats/include"   -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c    init.c -o init.o
/bin/sh: llvm-gcc-4.2: command not found
make: *** [init.o] Error 127
ERROR: compilation failed for package ‘lme4’
removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/lme4’
restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/lme4’
Warning in install.packages :
 installation of package ‘/Users/nanli/Downloads/lme4_0.999999-2.tar.gz’ had non-zero exit status

У кого-нибудь есть идеи, как решить эту проблему?


person nan    schedule 24.10.2013    source источник
comment
Это не первый вопрос SO, в котором сообщается о сбое компиляции частей R на Mac. Я не знаю решения, но прокомментировал другому автору, что в компиляторах XCode произошли серьезные изменения с Mavericks. llvm-gcc-4.2 больше не является частью XCode. Лично я не планирую обновляться, пока не увижу больше признаков успеха в списке рассылки R-SIG-MAC.   -  person IRTFM    schedule 25.10.2013
comment
(Хотя, когда я только что посмотрел, оказалось, что и Брайан Рипли, и Саймон Урбанек установили версию 3.0.2 на Mavericks.)   -  person IRTFM    schedule 25.10.2013
comment
Привет @DWin Знаете ли вы, как установить llvm-gcc-4.2, я попробовал инструмент командной строки с XCode 5, но, похоже, он не поставляется с llvm-gcc   -  person nan    schedule 25.10.2013
comment
Я думаю, вам следует спросить на форуме разработчиков OSX или прочитать R-SIG-Mac. Эта проблема обсуждалась сегодня в сообщениях, и я недостаточно квалифицирован, чтобы улучшить ответы (и я еще не обновился до Mavericks).   -  person IRTFM    schedule 25.10.2013
comment
Вы можете скачать и установить эту бинарную версию? lme4.r- forge.r-project.org/repos/bin/macosx/contrib/3.0/   -  person Ben Bolker    schedule 27.10.2013
comment
@BenBolker Привет, Бен, я скачал его, но не знаю почему, он все еще не дает никаких результатов.   -  person nan    schedule 04.11.2013
comment
Боюсь, мне нужно больше подробностей, чтобы помочь. Какие сообщения об ошибках?   -  person Ben Bolker    schedule 04.11.2013
comment
Я также только что добавил бинарную версию lme4.0 в репозиторий lme4 по адресу lme4.r-forge.r-project.org/repos/bin/macosx/contrib/3.0 . Его еще нет (обновление займет до 24 часов), но, вероятно, вам следует его использовать, т.е. install.packages("lme4.0",repos="http://lme4.r-forge.r-project.org/repos")   -  person Ben Bolker    schedule 04.11.2013
comment
Спасибо за добавление этой бинарной версии @BenBolker! Я установил и загрузил его, и теперь могу извлекать фиксированные коэффициенты эффекта из моделей, сгенерированных с помощью lmer; однако pvals.fnc и pamer.fnc у меня не работают. Первый дает мне MCMC sampling is not implemented in recent versions of lme4 for models with random correlation parameters; последний дает мне Error in UseMethod("ranef") : no applicable method for 'ranef' applied to an object of class "mer". Модель, которую я создаю, имеет фиксированный и случайный эффект. Есть предположения?   -  person proteogenomics    schedule 05.11.2013
comment
Я не уверен насчет последнего: в первом случае pvals.fnc уже давно не мог использовать mcmcsamp() для векторного случайного эффекта: вы уверены, что этот конкретный пример работал раньше? Обратите внимание, что pamer.fnc из пакета LMERConvenienceFunctions... вы спросили у сопровождающего... ??   -  person Ben Bolker    schedule 05.11.2013