Как установить MKPinAnnotation так, чтобы нижняя часть изображения указывала на местоположение, а не на центр изображения

Вам нужно рассчитать количество пикселей для смещения, а затем установить свойство centerOffset.

По умолчанию центральная точка вида аннотации размещается в точке координат связанной аннотации. Это свойство можно использовать для изменения положения представления аннотаций по мере необходимости. Эти значения смещения x и y измеряются в пикселях. Положительные значения смещения перемещают вид аннотации вниз и вправо, а отрицательные значения перемещают его вверх и влево.