Ошибка установки RMySQL на OS X

Я столкнулся с проблемой установки пакета RMySQL в OS X. Кажется, что установка пакета работает, но когда загрузка пакета проверяется, она неизменно терпит неудачу:

* installing *source* package ‘RMySQL’ ...
. 
.(omitted for brevity. see the gist linked below for the full installation log)
.
** testing if installed package can be loaded
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RMySQL/libs/i386/RMySQL.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RMySQL/libs/i386/RMySQL.so, 6): Symbol not found: _mysql_affected_rows
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RMySQL/libs/i386/RMySQL.so
  Expected in: flat namespace
 in /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RMySQL/libs/i386/RMySQL.so
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RMySQL’

Полный журнал установки можно найти в этом gist.

Похоже, это как-то связано с запуском R в 32-битном режиме по сравнению с 64-битным. Я прочитал и попробовал все, что в них, безрезультатно:

Системная информация:

  • R 2.15.2
  • OS X 10.8.3 (горный лев)
  • MySQL 5.1.45
  • X-код 3.2

macos mysql r rmysql osx-mountain-lion
person yoni    schedule 10.05.2013    source источник
comment
У вас установлен MySQL. Он не жалуется на отсутствие инструментов компиляции, поэтому я предполагаю, что у вас установлен XCode (и вы просто не сказали нам об этом).   -  person IRTFM    schedule 10.05.2013
comment
Отличный вопрос. Да, у меня установлены MySQL и Xcode (я только что соответственно обновил системную информацию). Я также попытался загрузить последнюю версию MySQL из оракула и явно использовать его библиотеку и включить пути, следуя инструкциям отсюда: marc.info/?l=r-sig-db&m=125563172023273   -  person yoni    schedule 10.05.2013

Ответы (2)


arrow_upward
3
arrow_downward

Взгляните на эту записку от Саймона Урбанека в списке R-sig-Mac в феврале:

https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2013-February/009967.html

«Ах, подождите — вы находитесь на Mountain Lion, и вы, возможно, установили R с 32-разрядной версией по умолчанию, поскольку 10.8 была исключена из списка поддерживаемых 64-разрядных систем в то время — попробуйте установить последнюю версию R 2.15.3 RC из http://r.research.att.com/"

Вы также должны убедиться, что версия RMySQL подходит для версии 2.15, так как теперь CRAN будет обслуживать версию, которая предполагает работу R 3.0.0. На самом деле это не должно быть проблемой, так как RMySQL_0.9-3 находится в стволе бинарных файлов 2.15 на зеркале UCB CRAN: http://cran.cnr.berkeley.edu/bin/macosx/leopard/contrib/2.15/RMySQL_0.9-3.tgz

person IRTFM    schedule 10.05.2013
comment
На самом деле я использовал сборку RMySQL, созданную под R 2.15 И последней, и получил те же результаты. Однако ваш ответ привел меня в правильном направлении: перейти на R 3.0. Спасибо большое за помощь. :) - person yoni; 11.05.2013
comment
Альтернативное решение и просто как последователь данного вопроса ;-) .com/questions/24537257/ - person Tin; 20.07.2014

arrow_upward
3
arrow_downward

Я только что нашел решение этой проблемы. Моя версия R

>  R.version          _
platform       x86_64-apple-darwin12.4.0
arch           x86_64
os             darwin12.4.0
system         x86_64, darwin12.4.0
status
major          3
minor          0.1
year           2013
month          05
day            16
svn rev        62743
language       R
version.string R version 3.0.1 (2013-05-16)
nickname       Good Sport

Все, что мне нужно было сделать, это скопировать библиотеку libmysqlclient в каталог R lib.

Пошаговое руководство можно найти здесь и здесь

person Lmwangi    schedule 04.10.2013
comment
Спасибо за обходной путь, Лмванги. Интересно, что вы столкнулись с той же проблемой на R 3.0. Для меня обновление R до 3.0 решило проблему без необходимости копировать какие-либо библиотеки, поскольку кажется, что основной причиной была поддержка 32- и 64-битной версии. - person yoni; 05.10.2013