D3: Можно ли добавить несколько (более 2) ребер между узлами?

Ничто не мешает вам рисовать несколько ребер между узлами. Тогда единственная вещь заключается в том, что компоновка принудительно направленного графа сделана так, чтобы два узла использовали только одну ссылку. Таким образом, я бы рекомендовал сделать следующее:

• С точки зрения силового ориентированного графа есть только одна связь.
• С точки зрения рисования нарисуйте несколько ребер, если оба узла имеют несколько ребер.

Которые дают следующую структуру данных для ребер:

links = {
    source: 0, //index of source node
    target: 0 //index of target node
    representations : [{color: "red"}, {color:"blue"}]
}

Таким образом, когда вы даете ссылки на силовой направленный граф, он не будет жаловаться. Но когда вы на самом деле рисуете ссылку, вы можете перебирать массив representations, чтобы рисовать разные ссылки.