Клип круга и проекция с орфографическим D3

Вместо использования элементов <circle> вы можете использовать геометрию точек GeoJSON:

{type: "Point", coordinates: [λ, φ]}

Затем их можно обрезать через проекционную систему D3, в зависимости от установленного вами clipAngle. Итак, у вас может быть что-то вроде:

var path = d3.geo.path().projection(…);

data.forEach(function(d) {
  svg.append("path")
      .datum({type: "Point", coordinates: [d.Lon, d.Lat]})
      .attr("d", path.pointRadius(d.Magnitude));
});

Обратите внимание, как радиус точки задается через путь для каждой точки. Вы также можете установить pointRadius как функцию, чтобы вы могли сделать что-то вроде:

var path = d3.geo.path()
    .projection(…)
    .pointRadius(function(d) { return d.radius; });

svg.selectAll("path.point")
    .data(data)
  .enter().append("path")
    .datum(function(d) {
       return {type: "Point", coordinates: [d.Lon, d.Lat], radius: d.Magnitude};
    })
    .attr("class", "point")
    .attr("d", path);

Вторая часть вашего вопроса спрашивает, могут ли круги быть настоящими географическими кругами. d3.geo.circle может генерировать объекты географического круга (опять же, как GeoJSON), который будет правильно обрезан:

var path = d3.geo.path().projection(…),
    circle = d3.geo.circle();

svg.selectAll("path.point")
    .data(data)
  .enter().append("path")
    .datum(function(d) {
       return circle
           .origin([d.Lon, d.Lat])
           .angle(d.Magnitude)();
    })
    .attr("class", "point")
    .attr("d", path);