как отменить регистрацию зарегистрированного каталога в прозрачном регистре

Никогда не удаляйте версию, это слишком опасно (поскольку удаляются все метаданные и прикрепленные к ним гиперссылки).

Выполните вычитающее слияние, чтобы отменить вклады, записанные в вашей последней версии каталога.

См. в IBM статьи "Чтобы удалить дополнения некоторых версий".
Вы можете увидеть пример cleartool merge -delete в "Отменить удаление файла в ClearCase"

Вы можете попробовать удалить версию. В дереве версий щелкните правой кнопкой мыши кружок текущей версии и выберите «Удалить». Дерево версий автоматически обновится и не сможет этого сделать, потому что версия, которую оно пытается отобразить, больше не существует. После обновления вы должны увидеть старую версию.

Если вы редактировали несколько файлов, вам придется сделать это для каждого файла. Я не нашел способ сделать это с помощью командной строки, но опять же, я не искал тщательно;)