Пакет limma — один из лучших — или даже лучший — пакет для считывание результатов экспериментов с микрочипов, а недавно и с РНК-секвенированием, и выполнение других процессов, таких как нормализация, подгонка линейных моделей, поиск наиболее дифференциально экспрессируемых генов, построение графиков и так далее.
У меня есть небольшая проблема в функции read.ilmn() для чтения результатов illumina: допустим, есть некоторые столбцы аннотаций, например ENTREZ_GENE_ID, REFSEQ_ID и т. д. Эти столбцы необходимо читать в дополнение к столбцам выражений, т. е. PROBE_ID, SYMBOL, AVG_Signal и Detection.Pval, для последующего анализа.
Я попытался передать имена этих столбцов в качестве аргументов annotation и other.columns для read.ilmn(), информируя эту команду также о чтении этих столбцов, что привело к сбою read.ilmn(). В конце концов мне пришлось прочитать эти столбцы отдельно с помощью команды read.table() и объединить их вручную с результатами read.ilmn().
Есть ли лучший способ выполнить миссию?
